load 1ots.pdb
script 1ots.def
restrict none
select *a
backbone 30
color orange
select cont_B_M
wireframe 50
color blue
select cl444,phe357:a.cb,phe357:a.n,
gly355:a.ca,ile356:a.n,gly355:a.c,
tyr445:a.oh,tyr445:a.cz,tyr445:a.ce2,
ser107:a.og,ser107:a.cb,ile356:a.cg2,
ile109:a.cd1
color red
cpk 100
select cl444
color green
pause
select cont_B_M
color cpk
select *a
backbone off
pause
select cl444
label CL
select ser107:a.n
label ser107
select tyr445:a.o
label tyr445
select ile109:a.o
label ile109
select gly355:a.o
label gly355
select phe357:a.o
label phe357
set fontsize 12
color label white
set fontstroke 3
pause
select cont_B_M,cl444
wireframe 50
color blue
select cl444,phe357:a.cb,phe357:a.n,
gly355:a.ca,ile356:a.n,gly355:a.c,
tyr445:a.oh,tyr445:a.cz,tyr445:a.ce2,
ser107:a.og,ser107:a.cb,ile356:a.cg2,
ile109:a.cd1
color red
spacefill
select cl444
color green
select all
label off
|
Этот скрипт демонстрирует взаимодействие белка с лигандом (в данном случае с
cl444). В скрипт вложен ещё один скрипт: 1ots.def. Вот он:
define cont_B_M tyr445:a,
ser107:a,gly355:a,phe357:a,
ile356:a,ile109:a
echo cont_B_M defined!
Cont_B_M — список аминокислот, взаимодействующих с лигандом (с cl444).
|
