Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов белка CLCA_ECOLI

С помощью поисковой системы BLASTP была создана выборка из 10 ортологов белка CLCA_ECOLI. Как оказалось, ортологов у этого белка не очень много, поэтому identity меняется от 44% до 79% (в задании предполагалось от 50% до 75%).

Далее представлена матрица попарного сходства (в % совпадения) последовательностей выборки:

CLCA_ECO57 CLCA_SHIFL CLCA_ECOL6 CLCA_SALTI CLCA_SALPA CLCA_SALTY CLCA_YERPE CLCA_VIBRA CLCA_VIBVU CLCA_VIBCH

CLCA_ECO57 100%

CLCA_SHIFL 99% 100%

CLCA_ECOL6 99% 99% 100%

CLCA_SALTI 78% 78% 78% 100%

CLCA_SALPA 78% 77% 78% 99% 100%

CLCA_SALTY 78% 77% 78% 99% 99% 100%

CLCA_YERPE 69% 69% 69% 73% 73% 73% 100%

CLCA_VIBPA 52% 52% 52% 54% 54% 54% 54% 100%

CLCA_VIBVU 52% 51% 52% 53% 53% 53% 52% 88% 100%

CLCA_VIBCH 52% 52% 52% 53% 53% 53% 53% 80% 80% 100%

Как видно из матрицы, ортологи выбраны не очень удачно, так как имеются сильно схожие последовательности. Однако, в силу того, что других ортологов с "хорошим" identity нет, придётся оставить эти последовательности.

Далее представлено множественное выравнивание этих последовательностей.

Множественное выравнивание

Цветом выделены консервативные участки:

Зелёным - консервативные на 100%;
Красным - консервативные не менее, чем на 80%.

* 2 0 * 4 0 * 6 0

C L C A _ E C O 5 7 : M K T D T P S L E T P Q A A R L R R R Q L I R Q L L E R D K T P L A I L F M A A V V G T L V G L A A V A F D K G V A W L : 6 0

C L C A _ S H I F L : M K T D T P S L E T P Q A A R L R R R Q L I R Q L L E R D K T P L A I L F M A A V V G T L V G L A A V A F D K G V A W L : 6 0

C L C A _ E C O L 6 : M K T D T P S L E T P Q A A R L R R R Q L I R Q L L E R D K T P L A I L F M A A V V G T L V G L A A V A F D K G V A W L : 6 0

C L C A _ S A L T I : M K T D T S T F L A Q Q I V R L R R R D Q I R R L M Q R D K T P L A I L F M A A V V G T L T G L V G V A F E K T V S W V : 6 0

C L C A _ S A L P A : M K T D T S T F L A Q Q I V R L R R R D Q I R R L M Q R D K T P L A I L F M A A V V G T L T G L V G V A F E K T V S W V : 6 0

C L C A _ S A L T Y : M K T D T S T F L A Q Q I V R L R R R D Q I R R L M Q R D K T P L A I L F M A A V V G T L T G L V G V A F E K A V S W V : 6 0

C L C A _ Y E R P E : M T H S T Q Q L S P E G V A E G K R G R L I R E L V N R D K T P L I I L I M A A V V G V V T G L L G V A F D R G V D W V : 6 0

C L C A _ V I B P A : - - M T K R E R I V K S V L A H V P K D A I N Q F V S R G S T P F S V L I M A A I V G T L A G F V G T Y F E L A V H F V : 5 8

C L C A _ V I B V U : - - M T K R E R I I Q S V L V K V P K D A I N Q F L S H G S T P I S V L F L A A L V G V L A G L V G T Y F E I A V H F V : 5 8

C L C A _ V I B C H : - - M S T R E T F K I S L L A K M P K D V I N Q F L S K D K T P F S V L F L S L L V G I L A G L V G T Y F E Q A V H L V : 5 8

t I r d k T P L f m a a V G l G l F V

* 8 0 * 1 0 0 * 1 2 0

C L C A _ E C O 5 7 : Q N Q R M G A L V H T A D N Y P L L L T V A F L C S A V L A M F G Y F L V R K Y A P E A G G S G I P E I E G A L E D Q R : 1 2 0

C L C A _ S H I F L : Q N Q R M G A L V H T A D N Y P L L L T V A F L C S A V L A M F G Y F L V R K Y A P E A G G S G I P E I E G A L E D Q R : 1 2 0

C L C A _ E C O L 6 : Q N Q R M G A L V H T A D N Y P L L L T V A F L C S A V L A M F G Y F L V R K Y A P E A G G S G I P E I E G A L E D Q R : 1 2 0

C L C A _ S A L T I : Q N M R I G A L V Q V A D H A F L L W P L A F I L S A L L A M V G Y F L V R K F A P E A G G S G I P E I E G A L E E L R : 1 2 0

C L C A _ S A L P A : Q N M R I G A L V Q V A D H A F L L W P L A F I L S A L L A M V G Y F L V R K F A P E A G G S G I P E I E G A L E E L R : 1 2 0

C L C A _ S A L T Y : Q N M R I G A L V Q V A D H A F L L W P L A F I L S A L L A M V G Y F L V R K F A P E A G G S G I P E I E G A L E E L R : 1 2 0

C L C A _ Y E R P E : Q Q Q R L L A L A N V A D Y A L L V W P L A F I M S A L L A M M G Y F L V S R F A P E A G G S G I P E I E G A M E E M R : 1 2 0

C L C A _ V I B P A : S E T R T E W L R S E I G S V L P L W L A A V L I S A L L A F I G Y F L V H R F A P E A A G S G I P E I E G A M D N I R : 1 1 8

C L C A _ V I B V U : S E T R T E W L K S E I G H L L P L W L A A I L I S A A L A F V G Y F L V H R F A P E A A G S G I P E I E G A M D N I R : 1 1 8

C L C A _ V I B C H : S E T R T D W L K S E I G S F L P L W L A A F L I S A F L A F I G Y F L V H R F A P E A A G S G I P E I E G A M D G M R : 1 1 8

R L l A f S A L A G Y F L V A P E A G S G I P E I E G A R

* 1 4 0 * 1 6 0 * 1 8 0

C L C A _ E C O 5 7 : P V R W W R V L P V K F F G G L G T L G G G M V L G R E G P T V Q I G G N I G R M V L D V F R L K G D E A R H T L L A T : 1 8 0

C L C A _ S H I F L : P V R W W R V L P V K F F G G L G T L G G G M G L G R E G P T V Q I G G N I S R M V L D I F R L K G D E A R H T L L A T : 1 8 0

C L C A _ E C O L 6 : P V R W W R V L P V K F F G G L G T L G G G M V L G R E G P T V Q I G G N I G R M V L D V F R L K G D E A R H T L L A T : 1 8 0

C L C A _ S A L T I : P V R W W R V L P V K F I G G M G T L G A G M V L G R E G P T V Q I G G N L G R M V L D V F R M R S A E A R H T L L A T : 1 8 0

C L C A _ S A L P A : P V R W W R V L P V K F I G G M G T L G A G M V L G R E G P T V Q I G G N L G R M V L D V F R M R S A E A R H T L L A T : 1 8 0

C L C A _ S A L T Y : P V R W W R V L P V K F I G G M G T L G A G M V L G R E G P T V Q I G G N L G R M V L D V F R M R S A E A R H T L L A T : 1 8 0

C L C A _ Y E R P E : P V R W W R V I P V K F I G G L G T L G A G M V L G R E G P M V Q M G G N S G R M I V D I F R L R S P E A R H S L L A T : 1 8 0

C L C A _ V I B P A : P V R W W R V L P V K F F G G M G A L G S G M V L G R E G P T V Q M G G A V G R M V T D I F R V K D D D T R H S L L A S : 1 7 8

C L C A _ V I B V U : P V R W W R V I P V K F F G G M G A L G S G M V L G R E G P T V Q M G G A V G R M V T D I F R V K D D D T R H S L L A S : 1 7 8

C L C A _ V I B C H : P V R W W R V L P V K F F G G M G A L G S G M V L G R E G P T V Q M G G A V G R M I S D I F R V K N E D T R H S L L A A : 1 7 8

P V R W W R V l P V K F G G G L G G M v L G R E G P t V Q G G g R M v D F R R H L L A

* 2 0 0 * 2 2 0 * 2 4 0

C L C A _ E C O 5 7 : G A A A G L A A A F N A P L A G I L F I I E E M R P Q F R Y T L I S I K A V F I G V I M S T I M Y R I F N H E V A L I D : 2 4 0

C L C A _ S H I F L : G A A A G L A A A F N A P L A G I L F I I E E M R P Q F R Y T L I S I K A V F I G V I M S T I M Y R I F N H E V A L I D : 2 4 0

C L C A _ E C O L 6 : G A A A G L A A A F N A P L A G I L F I I E E M R P Q F R Y T L I S I K A V F I G V I M S T I M Y R I F N H E V A L I D : 2 4 0

C L C A _ S A L T I : G A A A G L S A A F N A P L A G I L F I I E E M R P Q F R Y N L I S I K A V F T G V I M S S I V F R I F N G E A P I I E : 2 4 0

C L C A _ S A L P A : G A A A G L S A A F N A P L A G I L F I I E E M R P Q F R Y N L I S I K A V F T G V I M S S I V F R I F N G E A P I I E : 2 4 0

C L C A _ S A L T Y : G A A A G L S A A F N A P L A G I L F I I E E M R P Q F R Y N L I S I K A V F T G V I M S S I V F R I F N G E A P I I E : 2 4 0

C L C A _ Y E R P E : G A A A G L S A A F N A P L A G I L F V I E E M R S Q F R Y S L V S I K A V F I G V I T S T I V Y R Y F N G E R A I I E : 2 4 0

C L C A _ V I B P A : G A A G G L A A A F N A P L A G I M F V V E E M R P Q F R Y S L I S I R A V I I S A I M A N I V F R A I N G Q D A V I T : 2 3 8

C L C A _ V I B V U : G A A G G L A A A F N A P L A G I M F V V E E M R P Q F R Y S L I S I R A V I I S A V M A N I V F R A I N G Q D A V I T : 2 3 8

C L C A _ V I B C H : G A A G G L A A A F N A P L A G I M F V I E E M R P Q F R Y T L I S V R A V I I S A V A A N I V F R V I N G Q D A V I T : 2 3 8

G A A G L A A F N A P L A G I F i E E M R p Q F R Y L i S i A V i m I R N I

* 2 6 0 * 2 8 0 * 3 0 0

C L C A _ E C O 5 7 : V G K L S D A P L N T L W L Y L I L G I I F G I F G P I F N K W V L G M Q D L L H R V H G G N I T K W V L M G G A I G G : 3 0 0

C L C A _ S H I F L : V G K L S D A P L N T L W L Y L I L G I I F G I F G P I F N K W V L G M Q D L L H R V H G G N I T K W V L M G G A I G G : 3 0 0

C L C A _ E C O L 6 : V G K L S D A P L N T L W L Y L I L G I I F G I F G P I F N K W V L G M Q D L L H R V H G G N I T K W V L M G G A I G G : 3 0 0

C L C A _ S A L T I : V G K L S D A P V N T L W L Y L I L G I I F G C V G P V F N S L V L R T Q D M F Q R F H G G E I K K W V L M G G A I G G : 3 0 0

C L C A _ S A L P A : V G K L S D A P V N T L W L Y L I L G I I F G C V G P V F N S L V L R T Q D M F Q R F H G G E I K K W V L M G G A I G G : 3 0 0

C L C A _ S A L T Y : V G K L S D A P V N T L W L Y L I L G I I F G C V G P V F N S L V L R T Q D M F Q R F H G G E I K K W V L M G G A I G G : 3 0 0

C L C A _ Y E R P E : V G K L S D A P L N T L W L Y L L L G I I F G A V G V I F N A L I F R T Q D M F V R F H G G D W R K L V L I G G L L G G : 3 0 0

C L C A _ V I B P A : M P Q Y Q S P A L Q T L W L F L L L G A L F G V F G V I F N K L I T V A Q D S F V A I H K N D R K R Y L I T G S I L G G : 2 9 8

C L C A _ V I B V U : M P Q Y Q P P E L K A L W L F L L L G G L F G V F G V L F N K L V T V A Q D A F V A L H K N D R K R Y L I T G T C L G G : 2 9 8

C L C A _ V I B C H : M P Q Y D A P E L S T L G L F L L L G A L F G V F G V L F N Y L I T L A Q D L F V K F H R N D R K R Y L L T G S M I G G : 2 9 8

t L w L L L G F G G F N Q D H l G G G

* 3 2 0 * 3 4 0 * 3 6 0

C L C A _ E C O 5 7 : L C G L L G F V A P A T S G G G F N L I P I A T A G N F S M G M L V F I F V A R V I T T L L C F S S G A P G G I F A P M : 3 6 0

C L C A _ S H I F L : L C G L L G F V A P A T S G G G F N L I P I A T A G N F S M G M L V F I F V A R V I T T L L C F S S G A P G G I F A P M : 3 6 0

C L C A _ E C O L 6 : L C G L L G F V A P A T S G G G F N L I P I A T A G N F S M G M L V F I F V A R V I T T L L C F S S G A P G G I F A P M : 3 6 0

C L C A _ S A L T I : L C G I L G L I E P A A A G G G F N L I P I A A A G N F S V G L L L F I F I T R V V T T L L C F S S G A P G G I F A P M : 3 6 0

C L C A _ S A L P A : L C G I L G L I E P A A A G G G F N L I P I A A A G N F S V G L L L F I F I T R V V T T L L C F S S G A P G G I F A P M : 3 6 0

C L C A _ S A L T Y : L C G I L G L I E P A A A G G G F N L I P I A A A G N F S V G L L L F I F I T R V V T T L L C F S S G A P G G I F A P M : 3 6 0

C L C A _ Y E R P E : M C G L L A L L H G N A V G G G F A L I P I A A A G N F S I G M L L F I F I A R V I T T L L C F G S G A P G G I F A P M : 3 6 0

C L C A _ V I B P A : V F G L L L L Y V P Q L T G G G I A L I P D V T T G N Y S I S I L V L L F I G R V V T T L L C F G S G A P G G I F A P M : 3 5 8

C L C A _ V I B V U : I F G L L L L Y V P E L T G G G I H L I P D V T N G N Y S V S L L V M L F V G R V L T T L I C F G S G A P G G I F A P M : 3 5 8

C L C A _ V I B C H : C F G L L L L Y V P E L T G G G I S L I P T I T N G G Y G A G I L L L L F V G R I F T T L L C F G S G A P G G I F A P M : 3 5 8

G L p G G G L I P G n s g L F R v T T L l C F S G A P G G I F A P M

* 3 8 0 * 4 0 0 * 4 2 0

C L C A _ E C O 5 7 : L A L G T V L G T A F G M V A V E L F P Q Y H L E A G T F A I A G M G A L L A A S I R A P L T G I I L V L E M T D N Y Q : 4 2 0

C L C A _ S H I F L : L A L G T V L G T A F G M V A V E L F P Q Y H L E A G T F A I A G M G A L L A A S I R A P L T G I I L V L E M T D N Y Q : 4 2 0

C L C A _ E C O L 6 : L A L G T V L G T A F G M V A V E L F P Q Y H L E A G T F A I A G M G A L L A A S I R A P L T G I I L V L E M T D N Y Q : 4 2 0

C L C A _ S A L T I : L A L G T L L G T A F G M A A A V L F P Q Y H L E A G T F A I A G M G A L M A A S V R A P L T G I V L V L E M T D N Y Q : 4 2 0

C L C A _ S A L P A : L A L G T L L G T A F G M A A A V L F P Q Y H P E A G T F A I A G M G A L M A A S V R A P L T G I V L V L E M T D N Y Q : 4 2 0

C L C A _ S A L T Y : L A L G T L L G T A F G M A A A V L F P Q Y H L E A G T F A I A G M G A L M A A S V R A P L T G I V L V L E M T D N Y Q : 4 2 0

C L C A _ Y E R P E : L A L G T I L G T A F G L S C A H F F P Q Y G I E A G T F A I A G M G A L F A A S V R A P L T G I V L V L E M T D N Y Q : 4 2 0

C L C A _ V I B P A : L A L G T L F G Y A F G A S A D V L L P T L D I E P G V F A I A G M G A L F A A T V R A P I T G I L L V I E M T N N Y Y : 4 1 8

C L C A _ V I B V U : L A L G T L F G Y A F G A T A K I L L P D L P I E P G M F A I A G M G A L F A A T V R A P I T G I L L V I E M T N N Y Y : 4 1 8

C L C A _ V I B C H : L A L G T L F G Y A F G L I A K M W F P E L N I E P G M F A I A G M G A L F A A T V R A P I T G I L L V I E M T N N Y H : 4 1 8

L A L G T G A F G a l f P E G F A I A G M G A L A A R A P T G I L V E M T N Y

* 4 4 0 * 4 6 0 *

C L C A _ E C O 5 7 : L I L P M I I T G L G A T L L A Q F T G G K P L Y S A I L A R T L A K Q E A E Q L A R S K A A S A S E N T - - - - - : 4 7 3

C L C A _ S H I F L : L I L P M I I T G L G A T L L A Q F T G G K P L Y S A I L A R T L A K Q E A E Q L A R S K A A S A S E N T - - - - - : 4 7 3

C L C A _ E C O L 6 : L I L P M I I T G L G A T L L A Q F T G G K P L Y S A I L A R T L A K Q E A E Q L A R S K A A S A R E N T - - - - - : 4 7 3

C L C A _ S A L T I : L I L P M I I T C L G A T L L A Q F L G G K P L Y S T I L A R T L A K Q D A E Q A A K N Q N A P A G E N T - - - - - : 4 7 3

C L C A _ S A L P A : L I L P M I I T C L G A T L L A Q F L G G K P L Y S T I L A R T L A K Q D A E Q A A K N Q N A P A G E N T - - - - - : 4 7 3

C L C A _ S A L T Y : L I L P M I I T C L G A T L L A Q F L G G K P L Y S T I L A R T L A K Q D A E Q A E K N Q N A P A D E N T - - - - - : 4 7 3

C L C A _ Y E R P E : L I L P M I V T C L G A T L I A Q F M G G K P L Y S A I L A R T L A K Q E Q A R A T V I A Q E P A V E N T P Q I G K : 4 7 8

C L C A _ V I B P A : L I L P L I I T C L G A V I V A Q L L G G Q P I Y S Q L L H R T L K N D K L R Q Q D L P E N Q A S - - - - - - - - - : 4 6 7

C L C A _ V I B V U : L I L P L I I T S L G A V I C A Q I C G G K P I Y S Q L L H R T I K N D K L R Q Q D L P E Q Q N S - - - - - - - - - : 4 6 7

C L C A _ V I B C H : L I L P L I I T S L G A V I F A Q L L G G Q P I Y S Q L L H R T L K N Q K L Q Q Q D L P P Q S P N S - - - - - - - - : 4 6 8

L I L P I i T L G A A Q G G k P Y S L R T l q q

Область взаимодействия с лигандом

Далее, с помощью программы RasMol были определены аминокислотные остатки, взаимодействующие с лигандом (ионом хлора cl444):

ser107
ile109
glu148
gly149
phe348

gly354
gly355
ile356
phe357
tyr445

На этом рисунке изображено расположение выделенных аминокислотных остатков относительно лиганда - иона хлора (зелёный шар).
Нет надобности красить аминокислотные остатки, в зависимости от консервативности, так как все они оказались на 100% консервативны (по сделанной выборке). Поэтому, остатки покрашены в зависимости от аминокислоты:

Жёлтый - глицин,
Синий - серин,
Красный - изолейцин,
Серый - тирозин,
Голубой - фенилаланин,
Белый - глутаминавая кислота.

Выводы

Как видно из постороенного выравнивания, белок CLCA_ECOLI вообще довольно консервативен. Зоны контакта с лигандом ососбенно. Отсюда можно заключить, что белок несёт важную функцию, притом необходимую многим, пусть и родственным, организмам. Впрочем, так оно и есть, так как CLCA_ECOLI обеспечивает транспорт ионов хлора через мембрану, что является немалозначимой частью метаболизма. Так же консервативность белка ещё объясняется и тем, что для выполнения сей функции необходима чётко определённая структура, наличие определённых аминокислотных остатков в определённых позициях.

На главную...

	CLCA_ECO57	CLCA_SHIFL	CLCA_ECOL6	CLCA_SALTI	CLCA_SALPA	CLCA_SALTY	CLCA_YERPE	CLCA_VIBRA	CLCA_VIBVU	CLCA_VIBCH
CLCA_ECO57	100%
CLCA_SHIFL	99%	100%
CLCA_ECOL6	99%	99%	100%
CLCA_SALTI	78%	78%	78%	100%
CLCA_SALPA	78%	77%	78%	99%	100%
CLCA_SALTY	78%	77%	78%	99%	99%	100%
CLCA_YERPE	69%	69%	69%	73%	73%	73%	100%
CLCA_VIBPA	52%	52%	52%	54%	54%	54%	54%	100%
CLCA_VIBVU	52%	51%	52%	53%	53%	53%	52%	88%	100%
CLCA_VIBCH	52%	52%	52%	53%	53%	53%	53%	80%	80%	100%