Метаболические пути. KEGG.

Поиск ферментативной реакции по названиям субстрата и продукта и её описание.

  1. Субстрат: O-Phospho-L-serine

  2. Продукт: L-Serine

  3. Уравнение реакции ("definition"):

    O-Phospho-L-serine + H2O <=> L-Serine + Orthophosphate

  4. Изображение реакции с помощью структурных формул:

  5. Название фермента: phosphoserine phosphatase

  6. Код фермента: 3.1.3.3

    Расшифровка:

  7. Название метаболического пути: Glycine, serine and threonine metabolism

  8. Далее продукт мог превратиться в: 

    - Pyruvate (C00022) 
- D-Serine  (C00740)
- Phosphatidyl-L-serine (C02737)
- L-Seryl-tRNA(Ser) (C02553)
- 3-Hydroxypyruvate (C00168)
- L-Cystathionine (C02291)
- L-Cysteine  (C00097)
- Glycine  (C00037)  (2 различных пути)
- 5,10-Methylenetetrahydrofolate  (C00143)

Поиск и описание случая, когда ферменты разного типа катализируют одну и ту же реакцию

  1. Развернутый ответ на вопрос, в чем состоит различие между 2-мя запросами:

    Первый запрос выглядел так:
    Glycine, serine and threonine metabolism

    Второй запрос выглядел так:
    Glycine, serine and threonine metabolism .AND. reference .AND. map

    В первом случае наблюдалось громадное количество находок, каждая из которых ссылалась на одну и ту же схему метаболизма глицина, серина и треонина, составленных для разных организмов. Во втором случае образовалась только одна находка - обобщённая схема данной метаболической схемы (параметр reference pathway).

  2. Название заданного пути: Glycine, serine and threonine metabolism

    Картинка с выбранным фрагментом:

    Реакция, которую катализируют данные ферменты:

  3. Сравнение 2-х ферментов с разными ЕС, но катализирующими одну реакцию в выбранном фрагменте:

    Расшифровка у обоих ферментов одинаковая: 

    Oxidoreductases
Acting on the CH-NH2 group of donors
With oxygen as acceptor
    Однако 1.4.3.4 является моноамин оксидазой, а 1.4.3.6 - диамин оксидазой. Так же 1.4.3.4 является флавин-содержащим ферментом (flavin-containing), а 1.4.3.6 - медь-содержащим (copper-containing).

Cравнение метаболических путей у разных организмов

  1. Задание: Биосинтез лейцина (leucine) из пирувата (pyruvate) у мыши (Mus musculus) и E.coli K-12.

  2. Названия путей, идентификаторы использованных карт. 
    Название пути:						Идентификатор:

Valine, leucine and isoleucine biosynthesis  		00290			

Pyruvate metabolism 					00620

Valine, leucine and isoleucine degradation 		00280

  3. Изображение фрагмента карты(reference map), соответствующего заданию:

  4. Количество реакций во фрагменте, соответствующкм заданию. Укажите, откуда берется первое вещество, во что может превратиться последнее:

    Организм Кол-во реакций Вещества, из которых образуется пируват: Вещества, которые синтезируются из лейцина:
    E.coli K-12 11
    L-лактат (L-lactate)
    D-лактат (D-lactate)
    Methylglyoxal
    Фосфоенолпируват (Phosphoenol-pyruvate)
    L-малат (L-malate)
    Ацетил-КоА (Acetyl-CoA)[2 пути]"
    4-Methyl-2-oxopentanoate
    Cвязанный с т-РНК лейцин (L-Leu-tRNA(Leu))"
    Mus musculus -
    L-лактат (L-lactate)
    D-лактат (D-lactate)
    Фосфоенолпируват (Phosphoenol-pyruvate)
    Oxaloacetate
    L-малат (L-malate)
    Ацетил-КоА (Acetyl-CoA)"     		-

  5. Сравнение путей у мыши и бактерии E. coli K-12:

    У мыши лейцин из пирувата вообще не синтезируется. Он может получаться только из 4-метил-2-оксопентанона. Лейцин для мыши является незаменимой аминокислотой.

    У бактерии E. coli K-12 синтез лейцина из пирувата может происходить в восемь стадий через пируватный метаболизм (данный случай в работе за неимением времени и желания не описан), либо в десять стадий (см. карту). Для каждой стадии характерен только один фермент, за исключением первой, для которой характерны два, и предпоследней, которая протекает спонтанно, без участия ферментов.

На главную...

© Трушкин Никита,2006