Исследование филогенетического дерева семейства MIP, PF00230 из таксонов Bacillales и Alphaproteobacteria

С помощью SRS в БД UniProt были найдены аминокислотные последовательности для следующей выборки:

• Белки семейства MIP, PF00230, из таксонов Bacillales и Alphaproteobacteria;
• Все белки семейства MIP, PF00230, из архей;
• Как внешнюю группу (outgroup) - Q65YQ3_CHICK, Q5W916_BOMMO, AQP3_HUMAN.

В выборку из разных штаммов одного вида бактерий был выбран один штамм, последовательности длиной менее 200 а.о. в выборку включены не были.

Перечень названий организвом, включённых в выборку - taxon_names.txt
Перечень аминокислотных последовательностей для них - seq.txt

По полученным данным было построено дерево методом Neighbour-Joining. Жирным выделены представители outgroup`ы. Красным выделены представители ветви и вершины, соответствующие архейным белкам. Все остальные цвета - для ортологов и паралогов (см. ниже).

С помощью ресурсов сайта NCBI было построено таксономическое дерево.

Все деревья выполнены в формате "gdt", и открываются программой GeneMaster. Так же деревья представлены в графическом формате:
дерево, таксономическое дерево.

По неизвестным причинам при копировании с сайта NCBI скобочной формулы из описанного на NCBI дерева пропадают два организма из архей: Sulfolobus acidocaldarius и Sulfolobus solfataricus. По этой причине таксономическое дерево содержит четыре из шести организмов из архей.

Паралоги - это последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разныефункции.

Ортологи - это последовательности, возникшие из одного общего прешевственника в процессе видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию.

Были выявлены следующие пары:

• паралогов:
  1. 
     Организм - RHIZOBIUM MELILOTI. AC: Q92NM3 и Q92ZW9.
     Цвет на дереве - тёмно-зелёлый.

  2. 
     Организм - BACILLUS ANTHRACIS. AC: Q6I2E7 и Q81U59.
     Цвет на дереве - оливковый.

  3. 
     Организм - AGROBACTERIUM TUMEFACIENS. AC: Q8UI24 и Q8UJW4.
     Цвет на дереве - светло-зелёный.

• ортологов:
  1. Организм - MESORHIZOBIUM SP. AC: Q3WMP5.
     Организм - RHIZOBIUM LOTI. AC: Q98J02.
     Цвет на дереве - тёмно-синий.

  2. Организм - RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS. AC: P60925.
     Организм - BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM. AC: Q89EG9.
     Цвет на дереве - пурпурный.

  3. Организм - STAPHYLOCOCCUS SAPROPHYTICUS. AC: Q49X92.
     Организм - STAPHYLOCOCCUS HAEMOLYTICUS. AC: Q4L602.
     Цвет на дереве - голубой.

На главную...

© Трушкин Никита,2006