Описание пространственной структуры FABG_ECOLI по данным PDB, код 1Q7B

Метод определения структуры РСА с разрешением 2.05 Å.
Диаметр белка ≈ 87.61 Å = 8.761 нм. (8.761*10-9 м.) = 4.38*10-3 бактерий E.coli.
На рисунке изображена третичная структура FABG_ECOLI, состоящая из четырех цепей, в каждой по NADP (Никотинамид-аденин-динуклеотид фосфат) 
reset
restrict none
select all
backbone 40
color chain
select NAP
wireframe 50
cpk 150
color cpk 
select GLU4:A.OE2
label BETAKETOACYL-[ACP] REDUCTASE,chain A
select ASP47:B.OD1 
label BETAKETOACYL-[ACP] REDUCTASE,chain B
select ASN40:C.OD1
label BETAKETOACYL-[ACP] REDUCTASE,chain C
select ALA51:d.CB
label BETAKETOACYL-[ACP] REDUCTASE,chain D
select NAP2901.AC4*
label NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE on chain B 
select NAP1901.AC4*
label NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE on chain A 
select NAP3901.AC4*
label NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE on chain C 
select NAP4901.AC4*
label NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE on chain D 
set fontsize 10
set fontstroke 1

pause

restrict none 
reset
wireframe off
backbone off
script 1q7b.def
select *A
backbone 25
wireframe off
color cpk

select NAP1901
cpk 
color cpk

select cont35_B_M
wireframe 50
cpk 120
color cpk

select cont5_B_M
wireframe 30
cpk 60
color cpk

select LYS155:A.NZ, TYR151:A.OH, THR37:A.OG1,
THR37:A.N, SER14:A.OG, SER14:A.N, GLY12:A.O,
GLY12:A.N, ASN95:A.OD1, ILE84:A.N, ARG15:A.NH1,
ARG15:A.NH2, GLY88:A.N, ASN59:A.OD1, ILE184:A.N 
cpk
color cpk

zoom 300
Этот скрипт определяет необходимые множества и генерирует два изображения:
  1. Общий вид белка
  2. Зона контакта белка с лигандами
На главную страницу семестра

©Goryanin Ignat 2005