Аннотирование фрагмента генома Klebsiella pneumoniae

1. Ищем белки из куска генома в н.к. из файла kpn_genome.fasta по геному Salmonella typhimurium данному в а.п. Следовательно выбираем blastx

Гипотетические гены во фрагменте 4077583-4084583

2.
Прямая цепь:
5'-[=>Q8ZRM9;16-156,159-279]-[=>Q8ZR89;25-157,160-306]-[=>Q8ZMD0;295-455]-[=>Q8ZNT8;18-160,161-244]-[=>Q8ZQE4;22-159,165-222]-[=>P17328;40-180,181-256]-3'
С помощью SRS установил связь.
Q8ZRM9-AE008706
Q8ZR89-AE008719
Q8ZMD0-AE008836
Q8ZNT8-AE008786
Q8ZQE4-AE008740
P17328-AE008828
После получения документов EMBL по AC из UniProt, по AC из UniProt в каждой находке нашел имя гена и его координаты в последовательности и составил схему. 
Прямая цепь:
5'-[=>sdaB;4991-6358]-[=>ybjZ;5064-7010]-[=>proV;8931-10133]-[=>sfbB;16665-17681]-3'
Комплементарная цепь:
3'-----[<=yecC;19563-20315]--------------[<=abc;7049-8080]------------------------5'

3.
seqret -sbegin1 4077583 -send 408458 и ответы на вопросы, можно было(seqret -sank +ответы на вопросы) 
formatdb -i salty_proteome.fasta -n st -p T
blastall -p blastx -d kpn -i kpn2jun2003.fasta -o kpn.out -e 0.001

На главную страницу семестра