Поиск сходных нуклеотидных последовательной, не кодирующих белки

Таблица 1. Выбор т-РНК

 Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка FABG_ECOLI E
  Соответствующий кодон в гене fabG 5'-GAA-3'
  Идеальный антикодон 5'-UUC-3'
  Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка E, если опираться на генетический код? 2
  Сколько разных тРНК для остатка E аннотировано в геноме кишечной палочки? 1
  Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
      имя гена gltW
      локализация гена в геноме complement(2727391..2727466)
      распознаваемый кодон GAR
      антикодон UUC glutamate

Результат поиска всех глутаминовых тРНК у Escherichia coli K-12

FT                   /note="codons recognized: GAR; anticodon: UUC glutamate
FT                   /note="codons recognized: GAR; anticodon: UUC glutamate
FT                   /note="codons recognized: GAR; anticodon: UUC glutamate
FT                   /note="codons recognized: GAR; anticodon: UUC glutamate
 complement(2727391..2727466)
Нуклиотидная последовательность: 
>U00096 U00096.2 Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.
gtccccttcgtctagaggcccaggacaccgccctttcacggcggtaacaggggttcgaat
cccctaggggacgcca

Таблица 2. Поиск гомологичной т-РНК

Программа FASTA BLASTN MegaBLAST discontiguous MegaBLAST
Длина якоря 6 11 28 12
Результаты поиска 20 находок(выбрал)(FASTA) 7 находок (BLASTN) Ничего (MEGABLAST) 5 находок(discontiguous MEGABLAST)
Число находок с E-value < 0,01 0 5 — 5
Характеристика лучшей находки:
      E-value 1(Z99104) 5 находок у которых есть одно и то же выравнивание.
Я буду писать ниже для Z99124
6e-14		 — 5 находок у которых есть одно и то же выравнивание.
Я буду писать ниже для Z99119
6e-14
(как и в BLASTN)
      длина выравнивания 16 40 — 40
      вес выравнивания 25 71.9 — 71.9
      координаты в геноме 22354-22369(координаты в Z99104) 4010730 - 4214630(координаты находки(Z99124) в геноме)
143344..143418(координаты в Z99124)		 — 3013458 to 3213379(координаты находки(Z99119) в геноме)
157466..157540(координаты в Z99119)
Аннотация лучшей находки по записи EMBL:
      имя гена trnSL-Ser1 trnY-Glu — trnB-Glu
      это тРНК? Да Да — Да
      это тоже тРНК глутаминовой кислоты? Нет (Ser) Да — Да
Эффективность программ в моем случае: MEGABLAST - ненашел ничего(хуже всех), FASTA - нашел не то(плохо), BLASTN - нашел 5 генов с маленьким E-value и даже 2е с большим(хорошо), discontiguous MegaBLAST -нашел 5 генов(хорошо) Все дело в длине якоря
у MegaBLAST слишком большой якорь(и он ничего не нашел) у FASTA слишком маленький якорь(нашлась даже другая tRNA)
у BLASTN и discontiguous MegaBLAST хорошая длина якоря и нашлось то, что надо.
На главную страницу семестра

©Goryanin Ignat 2005