Классификация функций. Коды ферментов.

Объясните, что значит заданный Вам код фермента(EC 2.4.2.7)

2
Трансферазы
Трансфераз - ферменты, передающие группу, например,
метильную группу или остаток сахара (гликозильная группа),
от одного соединения(донор) к другому соединению(акцептор).
Классификация основана на схеме 'донор:акцептор переносимая группа'.
Принятые названия обычно формируются как 'акцептор переносимая группа' или 'донор переносимая группа'.
Во многих случаях, донором является кофактор (кофермент), несущий группу, чтобы передать ее.
Аминотрансферазы составляют специальный случай (подкласс EC 2.6). 

2.4
Гликотрансферазы
К этому классу принадлежат все ферменты, переходящие гликозил группы.
Некоторые из этих ферментов также катализируют гидролиз,
который может быть расценен как передача гликозильной группы от донора к воде.
Кроме того, неорганический фосфат может действовать как акцептор в случае фосфорилирования;
фосфорилирование гликогена расценен как передача одного сахарного остатка от гликогена к фосфату.
Однако, более общий случай - передача сахара от олигосахарида или высокоэнергетического соединения к другой молекуле углевода(акцептору).
Подкласс далее подразделен, согласно природе сахарного передаваемого остатка,
в гексозилтрансферазы (EC 2.4.1), пентозилтрансферазы (EC 2.4.2) и те, которые передают другие гликозил группы (EC 2.4.99) 

2.4.2
Пентозилтрансферазы

2.4.2.7
Принятое название:adenine phosphoribosyltransferase 
Реакция:AMP + diphosphate = adenine + 5-phospho-?-D-ribose 1-diphosphate 
Другие имена: AMP pyrophosphorylase; transphosphoribosidase; APRT; AMP-pyrophosphate phosphoribosyltransferase; adenine phosphoribosylpyrophosphate transferase; adenosine phosphoribosyltransferase; adenylate pyrophosphorylase; adenylic pyrophosphorylase 
Систематическое название: AMP:diphosphate phospho-D-ribosyltransferase 
Коментарии: 5-Amino-4-imidazolecarboxamide может заменять аденин. 

Сравните последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

	UniProt ID	UniProt AC	Имя гена	Первый домен(Единственный в Pfam)
				Идентификатор Pfam	Положение в последовательности
1	APT_ECOLI	P69503	APT	PF00156	30-166
2	APT_HUMAN	P07741	APRT	PF00156	28-167
3	APT_METJA	Q59049	APT	PF00156	26-162

Для оценки сходства последовательностей аминокислот в гомологичных доменах была использована встроенная в SRS программа NeedleP.
Указав начало и конец последовательностей и оставив ту же матрицу и значения штрафа за открытие и продление гепа получем попарное выравнивание.
APT_ECOLI и APT_HUMAN
APT_ECOLI и APT_METJA
APT_HUMAN и APT_METJA
Таблица, отражающая попарное сходство доменов

Домен PF00156	Identity
APT_ECOLI и APT_HUMAN	43.6%
APT_ECOLI и APT_METJA	26.2%
APT_HUMAN и APT_METJA	27.3%

Довольно с хорошим процентом, несмотря на дальность организмов, выравнялся домен PF00156 из E.coli и человека. Домен бактерии оказался ближе к домену человеку, чем домен археи.

На главную страницу семестра