Сравнение разных способов оценки эволюционных расстояний между 2-мя генами

Чтобы отобразить точнее реальный ход эволюции, используют разные способы оценки эволюционных растояний.

В программе msbar требуется ввести количество мутаций в пересчете на полную длину гена fabG.
Для этого данное число мутаций на 100 н.п. надо *7.35.
Cкрипт. Тип мутации - замена: -point 4
Для опреления попарных эволюционных расстояний используется программа distmat.
distmat -sequence mut6.fasta -outfile d.txt -nucmethod 0
0 - метод, считающий число несовпадений(D).
distmat -sequence mut6.fasta -outfile jc.txt -nucmethod 1
1 - метод, работающий по модели Джукса-Кантора(JC).
Реультаты измерений и расчеты Метод считающий число несовпадений начинает давать сильное( >10 ) отклонение начиная с 20 замен. Метод по модели Джукса-Кантора начинает давать сильное( >10 ) отклонение начиная с 50 замен. При увеличении числа замен кривая несовпадения устремляется к 0.75 от истины. Кривая Джукса-Кантора стремится к предельной кривой и этот результат можно считать хорошим.

На главную страницу семестра