Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

В поиск терминов GO был введен в mitohondrial electron transport chain(ощибка в слове mitochondrial). В резултате получил на выбор 3 результата.

Искал - митохондриальная цепь переноса электронов.
Нашел - mitochondrial electron transport chain, GO:0005746.
Онтология - cellular component (компонент клетки).
Определение - Комплексы белка, которые формируют митохондриальную электронную транспортную систему (дыхательная цепь). Комплексы I, III и IV могут транспортировать протоны если они вложены в ориентируемую мембрану, такую как неповрежденной митохондриальной внутренней мембраны.

Описание функции конкретного белка с помощью GOA

На главной странице БД GOA был введен AC UniProt моего белка: P0AEK
Источник - InterPro и UniProtKeyword и даже одна ссылка на UniProt Enzyme Code. Все данные указаны по результатам электронной аннотации (IEA).

	Онтология GO (имя)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	Компонент клетки (component)	0	Не выдано никакой информации
Зачем, для чего?	Биологический процесс (process)	5	Участвует в процессе биосинтеза жирных кислот(2) Метаболический процесс(2) Процесс биосинтеза липидов(1)
Молекулярный механизм?	Молекулярная функция (function)	5(не включая 1, потому что специфичность)	Активность 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] редуктазы(2) катализирует реакцию: (3R)-3-hydroxyacyl-[acyl-carrier protein] + NADP+ = 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] + NADPH + H+ Активность оксидоредуктазы(3).
Специфичность?	Тоже Молекулярная функция (function)(нет отдельной онтологии)	1	Связывание НАД

Да, есть различия между НАДФ, указанным в катализируемой реакции, и НАД(специфичность).
Вероятно, в специфичности было сделано упрощение.

Создание больших выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

Протеом Saccharomyces cerevisiae.Результаты поиска в UniProt, 06.04.2007 г.

	Количество записей	Запрос
Всего(в протеоме Saccharomyces cerevisiae)	7466	(([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) \| [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	3335	(((([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) \| [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae]) & [uniprot-DBxref_:GO]) & (([uniprot-DBxref_:P:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:C:*]))
В том числе в митохондриальной цепи переноса электронов	10	((((([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) \| [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae]) & [uniprot-DBxref_:GO]) & (([uniprot-DBxref_:P:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:C:])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005746])
В том числе *только* с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS)	0	судя что кодов IDA и TAS вообще нет Запрос: ((((([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) \| [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae]) & (([uniprot-DBxref_:GO:] & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:GO:0005746]) & ((((((((((((([uniprot-DBxref_:IDA:] \| [uniprot-DBxref_:TAS:]) ! [uniprot-DBxref_:IEA:]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:]) ! [uniprot-DBxref_:ND:]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:]) ! [uniprot-DBxref_:NR:]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:]) ! [uniprot-DBxref_:IC])) & (((([uniprot-DBxref_:GO:] & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:P:]) \| [uniprot-DBxref_:GO: C: F: P:*]))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)	0	думаю было так (((((([uniprot-Organism:Saccharomyces] & [uniprot-Organism:cerevisiae]) \| [uniprot-Organism:Saccharomyces cerevisiae]) & [uniprot-DBxref_:GO]) & (([uniprot-DBxref_:P:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:C:])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005746]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:] \| [uniprot-DBxref_:TAS:]))

Получается что функции белков в митохондриальной цепь переноса электронов Saccharomyces cerevisiae, изучены плохо.
В протеоме этих белков мало, а хорошо исследованных эксперементально нет.

На главную страницу семестра