Моделирование эволюции гена

Дерево изображающее условную эволюцию гена fabG ((((А:40,В:40):10,(С:45,D:45):5):30,Е:80):30,F:110);
Если дерево неукорененное, то разбиение множества его листьев описывается

A B C D E F

. . * * * *

* * . . * *

. . . . * *

Длина гена fabG :735 н.
Формула для расчета n=(735/100)*(Длину ветви)
Текст скрипта

Построение дерева алгоритмом максимального правдоподобия

  +----------B         
  |  
  |        +----------------------------------F         
  |  +-----4  
  |  |     +---------------------------E         
  1--3  
  |  |  +----------D         
  |  +--2  
  |     +------------C         
  |  
  +--------A

Реконструкция дерева алгоритмом Neighbor-joining

  +-----------B         
  ! 
  !    +------------C         
  !  +-3 
  !  ! +-----------D         
  2--4 
  !  !    +------------------------------E         
  !  +----1 
  !       +-----------------------------------F         
  ! 
  +--------A

Реконструкция дерева алгоритмом UPGMA

                                      +--------------------A         
                                +-----1 
                                !     +--------------------B         
          +---------------------3 
          !                     ! +------------------------C         
  +-------4                     +-2 
  !       !                       +------------------------D         
--5       ! 
  !       +------------------------------------------------E         
  ! 
  +--------------------------------------------------------F

A B C D E F	Истинное дерево	Максимальное правдоподобие	Neighbor-joining	UPGMA
. . * * * *	+	+	+	+
* * . . * *	+	+	+	+
. . . . * *	+	+	+	+

Несмотря на то что деревья построенные по методу максимального правдопадобия и ближайших соседей на внешний вид отличаются от остальных, взаимное расположение узлов и листьев остается таким же.

В результате Bootstrap анализа получилось такое консенсусное дерево.

 
                       +------A
                +-63.0-|
                |      +------B
         +-48.0-|
         |      |      +------D
  +------|      +-58.0-|
  |      |             +------C
  |      |
  |      +--------------------E
  |
  +---------------------------F

Оно совпадает с истинным деревом.
Бутстреп-значения внутренних ветвей консенсусного дерева.

....**                     63.00
.*.*..                     58.00
.*.***                     48.00

Дерево, визуализированное программой fdrawtree

На главную страницу семестра