На сайте NCBI использовал алгоритм blastp (protein-protein BLAST), Database: standard databases, swissprot.
Algorithm parameters:
General Parameters:
Max target sequences: 100, Expect threshold: 0.05, Word size: 5
Scoring Parameters:
Matrix: BLOSUM62, Gap costs: (existence: 11, extension: 1)
Текстовая выдача программы: ссылка
Выбрал 5 случайных белков, ссылка на документ с множественным
выравниванием в Jalview. Думаю, что все белки гомологичны выбранному,
так как каждый имеет участок с большим количеством совпадающих и идентичных аминокислот (+очень низкие значения E-value, максимальное - 2e-132)
Данные о белке:
ID: GP_HTRV
AC: J3WAX0
OS: Heartlannd virus (HTRV)
Вырезанный белок: Glycoprotein N
Координаты: 19..566
Ссылка на файл в формате Fasta.
Параметры поиска оставил такие же, как в предыдущем задании.
Текстовая выдача.
Выбрал 4 белка идущие по E-Value после моего и еще один с конца.
Проект Jalview. Опять
же, думаю что все белки гомологичны, потому что есть много гомологичных участков, в том числе и у белка с самым высоким E-Value.