Практикум №11

Выбор и описание домена

Выбрал семейство доменов, удовлетворяющих критериям, указанным в задании:
AC: PF08870
ID: DndE
Число последовательностей в seed: 38
Число последовательностей в full: 387
Число доменных архитектур: 9
3d структуры: 4
Достоверно функция домена не ясна, в описании можно узнать, что является предполагаемой карбоксилазой, закодирована в опероне, связанным с модификацией ДНК серосодержащими соединениями, встречается только у бактерий и архей (cсылка на статью).
Доменная архитектура: большинство последовательностей в семействе имеют архитектуру, в которой встречается только этот домен.

Описание выравнивания seed

Выравнивание (ссылка) было покрашено с помощью clustal и функции Above identity threshold.
Оценка по порогам идентичности (для всех последовательностей)
Достоверные блоки:
100%: колонки 37, 111, 115
~60%: 27-33, 114-116 (эти блоки на мой взгляд являются максимально достоверными, соответственно по ним и судим о гомологичности доменов)
Участки, на которых нет достоверных блоков:
Их довольно много, например, колонки 47-51, 70-75 (состоят практически полностью из гэпов)