Практикум №7

1. Выбор белка

В Advanced поиске в строке Taxonomy [OC] вставил id выбранной бактерии Pseudoalteromonas arctica A 37-1-2 (id = 1117313), вышел запрос (taxonomy_id:1117313). Всего 4246 результатов. Далее выбрал белки с Annotation score 3 (316 результатов), из них выбрал белок с id = A0A290RZN5_9GAMM, AC = A0A290RZN5 (Каталаза). Выбор основан на том, что я знаю в чем заключается функция белка.

2. Информация о белке

Перевод: Каталаза. Функция: защищает клетки от токсического эффекта пероксида водорода. Катализирует реакцию 2H₂O₂ = 2H₂O + O₂., кофактором является гем.

3. Кластеры похожих белков

Искал с помощью Advanced поиска: в строке UniProtKB ID/AC ввел AC (A0A290RZN5), в строке sequence identity выбирал соответствующий процент.

4. Поисковые запросы

1. Поиск белков с идентичным названием. В расширенном поиске в строке Protein Name [DE] написал Catalase. Запрос в строке поиска:"(protein_name:Catalase)". Запрос выдал 92029 результатов, это связано с тем, что фермент встречается почти во всех организмах.
2. Поиск в базе данных заболеваний человека. Выбрал базу Human diseases, в строке All вписал Catalase. Запрос в строке поиска:"Catalase". Запрос выдал два результата. ID = DI-00016 - описание акаталаземии, связанной полной или почти полной потери активности каталазы в эритроцитах Во вкладке "View proteins" есть ссылка на белок человеческой каталазы, с которой и связано заболевание (белок есть в Swiss-Prot) Второй результат - ID = DI-05870 (описание Гранулематозной болезни, здесь есть ссылка на белок Cytochrome b-245 chaperone 1, связанный с работой имунных клеток). Запрос выдал этот результат, вероятно, потому, что при этой болезни повышается восприимчивость к инфекциям организмов, имеющих каталазу (а значит возможность эффективно защищаться от реактивных форм кислорода, образуемых имунными клетками)
3. Поиск белков в выбранной бактерии, имеющих в качестве кофактора гем. В строке Organism [OS] внес id организма (1117313). В новой строке выбрал Function -> Cofactors, в строке записал heme (предложил выбрать вещества из базы ChEBI, [CHEBI:30413]), Evidence - Any. Запрос в строке поиска: "(organism_id:1117313) AND (cc_cofactor_chebi:"CHEBI:30413")". Поиск выдал 16 результатов. В качестве проверки выберем один из белков (например, nitric oxide dioxygenase) В кофакторах находим heme b, и ссылку на него в ChEBI. Если выбрать Evidence Experimental, то выдача дает 0 результатов.