Для анализа взял две хромосомы родственных бактерий - Staphylococcus aureus strain Staphylococcous
(NZ_CP010952.1) и Macrococcus caseolyticus strain IMD0819 (NZ_CP021058.1). Они относятся к одному семейству - Staphylococcaceae.
Полученные dotplots:
Рисунок 1.Megablast
Рисунок 2.blastn
Анализ результата
В данном случае применение blastn более оправдано, так как несмотря на родственность, последовательности
разные. В данном случае мы видим участок сходства на позициях 400К до 2100К с множеством делеций, а также
инверсии на позициях 200-400 и 2100К-2275К. Из-за принципа работы результат blastn гораздо лучше
визуализируется, также на его выдаче мы видим множество 'точек' - участков сходства малой длины, которые megablast
не зафиксировал.
