Практикум №15

Подготовка чтений программой trimmomatic

Набор чтений с заданным SRR скачал, используя команду

wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR424/001/SRR4240361/SRR4240361.fastq.gz

Адаптеры (предварительно создав файл с ними) удалил с помощью команды

TrimmomaticSE -threads 2 -phred33 ./SRR4240361.fastq.gz reads.fastq.gz ILLUMINACLIP:adapt.fa:2:7:7 2>logs

Из файла с логами находим, что исходно было 7272621 чтений, а удалено 34532 (0,47%)
Чтения плохого качества удалены с помощью команды

TrimmomaticSE -threads 2 -phred33 reads.fastq.gz reads2.fastq.gz TRAILING:20 MINLEN:32 2>>logs

На вход дано 7238089 чтений, удалено 403754 (5.58%)
Размер файлов: исходный 193M, с удаленными адаптерами 192M, после удаления чтений с качеством меньше 20 с правых концов и чтений с длиной меньше 32 - 178M.

Подготовка k-меров

Команда:

velveth velv 31 -short -fastq.gz reads2.fastq.gz

Cборка на основе k-меров

Команда:

                    velvetg velv
                    

Количество контигов с N50 - 25683 (выдача stdout). С помощью команды находим длины самых длинных контигов

cut -f2 stats.txt | sort -h | tail -3

Аномальное покрытие можно посмотреть с помощью команд

                        cut -f6 stats.txt | sort -h
                    

                        cut -f6 stats.txt | sort -h -r
                    

Наибольшие - 500, 561, 865, 212829, маленькие - от 1.

Анализ полученных результатов

Три самых больших контига были картированы на хромосому Buchnera aphidicola (GenBank/EMBL AC — CP009253)

Полученный результат: Соответственно, можно сказать о присутствии делеций в контигах.

Так как наклон отрицательный, контиг был перевернут, также присутствуют крупные делеции.

Здесь также можно сказать о наличии делеций.