Практикум №3

Задание 1

C помощью пакета 3DNA построены A-, B-, Z-формы дуплекса ДНК (последовательность - пять раз повторенная GATC)
использовал команду (например, для A-формы):
fiber -seq=GATCGATCGATCGATCGATC -a gatc-a.pdb
Сcылки на соответстdующие файлы pdb:
gatc-a.pdb
gatc-b.pdb
gatc-z.pdb

Задание 2

Сравнил полученную сгенерированную B-форму ДНК c экспериментальной 1bna (B-form). На картинке нуклеотид выделен желтым цветом, два атома (7С2, 7O2), обращенных к малой бороздке, выделены синим, 5 атомов (7C4, 7C5, 7C6, 7C7, 7O4), направленных к большой бороздке выделены синим цветом.

Рисунок 1. Общая структура из 6 цепей

Рисунок 2.Основание
Рисунок 3. Большая и малая бороздки

Форма ДНК А-форма B-форма Z-форма
Тип спирали Правая Правая Левая
Шаг спирали (Å) 28.0 33.8 43.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки (Å) 16.8 17.2 18.3
Ширина малой бороздки (Å) 8.0 11.7 7.2

Задание 3

В этом задании нужно было определять параметры структуры РНК с помощью программ find_pair и analyze пакета 3DNA.

Использованные команды:
wget "https://files.rcsb.org/download/1N78.pdb" -O "1f7u.pdb"
remediator --old ''1f7u.pdb'' > ''1f7u_old.pdb
find_pair -t 1f7u_old.pdb stdout | analyze
В результате получен файл

Координаты стеблей:
(901...907 - 966...972)
(949...955 - 958...965)
(939...944 - 926...931)
(910...918 - 923...925)

Неканонические пары (присутствуют псевдоуридин, 5-метилурацил и N-метилгуанозин)
B:.901_:[PSU]P-**--A[..A]:.972_:B
B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B
B:.954_:[5MU]t-**--a[1MA]:.958_:B
B:.955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917_:B
B:.943_:[..A]A-**--P[PSU]:.927_:B
B:.944_:[..A]A-**--g[M2G]:.926_:B
B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B
B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B
B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B