Практикум №4

Предсказание вторичной структуры тРНК

С помощью программы einverted из EMBOSS были предсказаны инвентированные повторы тРНК.
Использованная команда:

einverted -sequence 1f7u.seq -gap 10 -threshold 10 -match 2 -mismatch -3 -outseq 1f7uoutseq -outfile 1f7uoutfile

Полученный результат:


    Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
    27 tctgg 31
       |||||
    43 agacc 39


    Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
    49 ccagg 53
       |||||
    65 ggtcc 61

Полученные результаты с помощью find_pair, einverted, алгоритма зукера:

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	1...7-72...66	---	1...6-66...71
D-стебель	10...13-25...22	---	7...12-22...17
Антикодоновый стебель	26...31-44...39	27...31-39...43	27...31-39...43
T-стебель	49...53-61...65	49...53-61...65	49...53-61...65
Общее число канонических пар нуклеотидов	21	10	20

**Рисунок 1.**Предсказание структуры тРНК

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Задание выполнялось для структуры 1tro (Protenin-NA complex). Чтобы получить визуализацию множества атомов в PyMol использовал скрипт.

Полученная анимация:

Таблица ДНК-белковых взаимодействий:

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	8	39	47
остатками фосфорной кислоты	88	19	107
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	21	20	41
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	4	4

Соответственно, можно сделать вывод, что атомы большой бороздки имеют гораздо больше взаимодействий, контактов с остатками 2'-дезоксирибозы больше неполярных, с остатками фосфорной кислоты - полярных.

С помощью nucplot получил схему контактов:

Визуализация контактов в Pymol:

**Глутамин Gln68(E) связывается с двумя фосфатами ДНК**

**Аргинин Arg69(G) образует две водородные связи с гуанином**