Практикум 10
Для поиска гомологов фермента глицеральдегид-3-фосфат дегидрогеназы(Q5DQD5_9VIBR) полученного из Vibrio neonatus был запущен BLAST со следующими параметрами:
Database: UniProtKB/Swiss-Prot
Algorithm: blastp (protein-protein BLAST)
Expect threshold: 0.05
Word size: 5
Matrix: BLOSUM62
Max target sequences: 100
Файл с текстовой выдачей можно скачать по ссылке
Для множественного выравнивания помимо исходного белка были выбраны следующие гомологи:
Citrobacter freundii(P24748)
Pseudescherichia vulneris(P24751)
Klebsiella aerogenes(P24163)
Escherichia fergusonii(P0C8Z1)
Escherichia coli K-12(P0A9B2)
Результаты выравнивания находятся по ссылкам (выравнивал с помощью ClustalW):
Результаты выравнивания показали, что последовательности белков достаточно консервативны (логично).
Гомологи вирусного белка
В качестве вирусного полипротеина я выбрал New York virus (NYV), его ID - GP_NYV, AC - Q83887.В этом полипротеине я выбрал зрелый белок Glycoprotein N (18..652) и вырезал его с помощью команды seqret. Дальше я отправил этот белок в Blast и получил список гомологов, из которого выбрал 4 белка, не считая исходного:
Orthohantavirus sinnombreense(Q89905)
Orthohantavirus nigrorivense(P0DTJ0)
Orthohantavirus andesense(Q9E006)
Puumala virus p360(P41266)
Результаты выравнивания: