Практикум 11
Для работы в данном практикуме я выбрал семейство доменов белков под названием BCCT (betaine/carnitine/choline family transporter).Это семейство белков, как и следует из расшифровки, отвечает за транспорт, в частности за транспорт четвертичной аммониевой группы [R-N (CH3)3].
Табл.1 Информация о семействе
Рис.1 3D структура
Выравнивание seed
На основании выравнивания последовательностей можно увидеть, что оно (выравнивание seed) имеет 73 последовательности и 669 колонок, из которых:1. Максимальный достоверный (консервативный) блок выравнивания отсутствует.
2. 100% консервативными колонками являются следующие:
74 [G], 457 [G], 229 [G], 650 [P]
3. Максимально достоверным блоком, включающим не все последовательности является:
455-458 [SRGR] - 72 последовательности
4. Участки выравнивания, в которых нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этих участках отражает ход эволюции:
341-352
380-425
В целом, в выравнивании можно выделить довольно много достоверных блоков практически по всей его длине, оно хорошо отражает гомологию последовательности.
Построение карты dot-plot
Рис.2 Выбор белков
Из карты видно, что на прямой есть 14 прерывистых участков, каждый из которых соответствует одному инделю.
Рис.3 Карта Dot-plot