Практикум 7

Мой миниобзор был посвящен геному бактерии Vibrio neonatus. Для поиска всех белков данной бактерии я использовал запрос к базе данных UniProtKB: (taxonomy_name:"Vibrio neonatus"). В результате нашлось 28 записей, которые я рассортировал в порядке убывания annotation score(AS). Наиболее высокий AS был равен 3 у 2 белков. Среди них мой выбор пал на глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназу(Q5DQD5_9VIBR)

Функция белка

Данный белок непосредственно участвует в окислительном фосфорилировании, катализируя следующую реакцию:

D-glyceraldehyde 3-phosphate + NAD+ + phosphate = (2R)-3-phospho-glyceroyl phosphate + H+ + NADH

Кластеры

В кластере UniRef100 было найдено 0 записей, в UniRef90 – 485 и в UniRef50 – 5628. Как можно заметить, данный белок не сильно отличается от белков других бактерий, однако нет ни одного 100%-го сходства.

Поисковые запросы

Мне стало интересно, много ли белков имеют такую же массу их аминокислотной последовательности, как и мой белок? Для этого я использовал запрос (mass:[31697 TO 31697]), получив 4248 записей.

Другой вопрос - сколько всего белков, который называются глицеральдегид-3-фосфат дегидрогеназой? Для этого я использовал запрос (protein_name:"Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase") и получил 105 561 запись (достаточно много).

А встречается ли этот белок у человека? (protein_name:"Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase") AND (organism_id:9606) отвечает нам положительно, целых 10 белков с таким же названием есть у Homo Sapiens.