Мной было выбрано семейство Coronavirus replicase NSP7 (CoV_NSP7 ; PF08716).
Белки NSP7 как предполагается, участвует в репликации вирусной РНК и имеет преимущественно альфа-спиральную структуру [2]. Он образует гексадекамерный суперкомплекс с NSP8, который приобретает полую цилиндрическую структуру [1]. Это помогает РНК-полимеразе (NSP12) работать быстрее и не отцепляться от РНК.
| AC Pfam | PF08716 |
| ID Pfam | Coronavirus replicase NSP7 |
| #SEED | 23 |
| #All | 1 385 |
| #SW | 59 |
| #architectures | 79 |
| #3D | 97 |
| Выравнивание seed | 23 последовательности и 89 колонок |
| МДБ-all | 7-17 колонки (все последовательности). Абсолютно консервативные колонки: 7:[K], 11:[V], 17:L |
| МДБ-not all | колонки 1-39 (последовательности 5-24) |
| 100% консервативные колонки в МДБ-not all | Абсолютно: 11:[V], 12:[V], 17:[L], 36:[H], 37:[N], Функционально: 1:[SAN], 5:[ED], 6:[LIVM], 13:[LI], 14: [LAM], 16:[CVLI], 39:[IVL] |
| Недостоверный блок | Нет недостоверного блока, относительно все колонки имеют высокий процент сходства, что говорит об общем предке всех последовательностей. |
Ссылка на проект Jalview:
| № | Описание |
|---|---|
| Доменная архитектура 1 | PF11501 - PF19211 - PF12379 - PF01661 - PF11633 - PF12124 - PF08715 - PF16251 - PF19218 - PF19217 - PF16348 - PF05409 - PF19213 - PF08716 - PF08717 - PF08710 - PF09401 - PF06478 - PF00680 - PF19219 - PF19216 - PF19215 - PF06460 |
| Белок с доменной архитектурой 1 | Q3LZT8_BCHK3 |
| Доменная архитектура 2 | PF19211 - PF19212 - PF19212 - PF01661 - PF08715 - PF19218 - PF19217 - PF16348 - PF05409 - PF19213 - PF08716 - PF08717 - PF08710 - PF09401 - PF06478 - PF00680 - PF20632 - PF20633 - PF20631 - PF13604 - PF13087 - PF06471 - PF19219 - PF19216 - PF19215 - PF06460 |
| Белок с доменной архитектурой 2 | R1AB_PEDV7 |
Для сравнения выбрали белки Bat SARS coronavirus HKU3-3 и Porcine epidemic diarrhea virus (strain CV777) (PEDV). Сплошная диагональная линия показывает, что на большей части длины эти белки имеют высокую степень гомологии. Прерывистые линии в левом нижнем углу говорят о том, что начальные участки белков менее консервативны и совпадают лишь фрагментарно.