Практикум №4

PyMOL: Гомодимер и лиганды

Биологическая единица представлена гомодимером. Белок состоит из идентичных цепей А и B длиной 219 аминокислотных остатков каждая. Асимметрическая единица, в отличие от биологической единицы, содержит только одну полипептидную цепь (мономер).

Мономер белка (асимметрическая единица)
Рис. 1 — Мономер, асимметрическая единица.
Биологическая единица — гомодимер
Рис. 2 — Биологическая единица: гомодимер из цепей A и B.
Вторичная структура

Во вторичной структуре присутствуют альфа-спирали, бета-листы и петли. В альфа-спиралях насчитывается 665 атомов, в бета-листах — 373 атома.

Вторичная структура: альфа-спирали, бета-листы, петли
Рис. 3 — Визуализация вторичной структуры.
Малые молекулы
💧 HOH (вода)170
ADP (аденозиндифосфат)32
🧪 DTB (детиобиотин)15
🔷 PO₄ (фосфат-ион)5
MG (ион магния)2
📌 Всего записей в списке: 224
Аминокислотные остатки белка на расстоянии до 5 ангстрем от молекулы лиганда

На расстоянии до 5 ангстрем от молекулы лиганда находятся ключевые аминокислотные остатки, формирующие сайт связывания.

Аминокислотные остатки на расстоянии до 5 Å от лиганда
Рис. 4 — Аминокислотные остатки белка на расстоянии до 5 Å от молекулы лиганда.