Пунктиром показаны водородные связи, затрагивающие атомы остова белка.
Водородные связи, затрагивающие атомы боковых радикалов аминокислот.
Согласно классическому определению, солевой мостик образуется при расстоянии между центрами заряженных групп не более 4.0 Å. Демонстрируем эти связи.
Ниже изображение, где все положительно заряженные аминокислоты раскрашены синим цветом, отрицательно заряженные — красным.
В структуре белка 1DAM дисульфидные связи отсутствуют. Все остатки цистеина (выделены жёлтым цветом) расположены на разных цепях и находятся на значительном расстоянии друг от друга (более 5–10 Å). Ни одна пара атомов серы не находится на ковалентном расстоянии ~2.0 Å, необходимом для образования S–S-мостика.
В структуре белка 1DAM стекинг-взаимодействия отсутствуют. Все ароматические аминокислоты (Phe, Tyr, Trp, His) выделены зелёным цветом на рисунке ниже. Как видно из изображения, ароматические кольца распределены по глобуле белка изолированно и не образуют пар с параллельной ориентацией плоскостей и расстоянием между центрами колец в диапазоне 3.5–4.5 Å, характерном для π-π стекинга.
Ниже представлены ароматические кольца этого белка.
