Был выбран белок Botulinum neurotoxin type A (P0DPI1). Чтобы найти белок, я просто ввёл в расширенный поиск организм — Clostridium botulinum. Этот белок я взял совсем не случайно: он аннотирован на 5/5, а также имеет интересное название, привлекающее внимание. Всего было получено почти 105 000 результатов поиска. Этот белок выводится третьим.
Ботулинический нейротоксин типа А — описываемый в этом отчёте белок, вызывающий вялый паралич и ингибирующий высвобождение нейромедиатора ацетилхолина из пресинаптических мембран нервных окончаний вегетативной нервной системы.
Белок состоит из двух цепей:
- Лёгкая цепь (1–448 аминокислоты) — обладает протеолитической активностью и расщепляет белок SNAP25, блокируя высвобождение нейромедиатора.
- Тяжёлая цепь (449–1296 аминокислоты) — отвечает за связывание с рецепторами на поверхности клеток нервной ткани и перенос лёгкой цепи внутрь клетки.
Также белок выходит из клетки через мембрану два раза. Аминокислоты с 627 по 647 и с 656 по 676 находятся за её пределами.
Белок используется для лечения косоглазия и блефароспазма, связанного с различными видами дистонии. С его помощью удаётся избавиться от гемифациального спазма и ряда других неврологических расстройств, характеризующихся аномальным сокращением мышц. Он также используется в косметических средствах для разглаживания морщин на лице.
Структурная формула белка Botulinum neurotoxin type A:
Для простоты и наглядности возьмём лизоцим C человека (P61626) — фермент, который есть в слезах и слюне.
Цель: Найти человеческий лизоцим C, а не мышиный или собачий.
- Здесь мы просим показать записи, у которых ген LYZ и организм — человек. 9606 — это числовой ID человека в таксономии NCBI.
- Результат: 4 белка из организма человека
Цель: Из найденных записей оставить только те, которые вручную отредактированы экспертами (Swiss-Prot), а не добавлены автоматически (TrEMBL).
- reviewed:true — это самый простой способ отсеять непроверенные вручную белки.
- Результат: найден единственный лизоцим из Swiss-Prot
Цель: Узнать, есть ли у белка экспериментально определенная 3D-структура в PDB.
- xref:pdb — требует наличия перекрестной ссылки на базу PDB (Protein Data Bank).
- Результат: таких белков нет
Цель: Вместо ручного поиска среди, возможно, несуществующих белков используем официальное поле existence, которое в UniProt как раз для этого и создано.
Официальное поле existence имеет четкую шкалу:
| Значение | Что означает |
|---|---|
| existence:1 | Доказательства на уровне белка — лучший вариант |
| existence:2 | Доказательства на уровне транскрипта (есть РНК) |
| existence:3 | Предсказано компьютером |
| existence:4 | Неизвестно |
| existence:5 | Сомнительно |
Результат: Мы оставили только белки, существование которых доказано на 100 %. Их всего 2.