Учебный сайт Дюгая Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Ссылки

Об авторе

Описание генома бактерии Pyrococcus furiosus штамм COM1

Pyrococcus furiosus – экстратермофильный вид архей. Один из немногих организмов, содержащих вольфрам в составе ферментов. Pyrococcus furiosus был первоначально выделен в анаэробных условиях из геотермических морских отложениях с температурой от 90°C (194°F) и 100°С (212°F). Внешний вид бактерии [1] представлен на рисунке 1.

• Домен Archaea
• Царство Euryarchaeota
• Филум Euryarchaeota
• Класс Thermococci
• Порядок Thermococcales
• Семейство Thermococcaceae
• Род Pyrococcus
• Вид P.furiosus
• Штамм COM1

Рис.1. Внешний вид P. furiosus [2]

Геном бактерии P. furiosus, штамм COM1, состоит из одной хромосомы, т.е. из одной двухцепочечной молекулы ДНК. Он описан в записи NC_018092.1 базы данных RefSeq. Длина генома – 1 909 827 пар нуклеотидов. В записи приведена последовательность одной из двух комплементарных цепей ДНК. По данным из записи NC_018092.1, в геноме закодировано 2113 генов. Из них 2064 кодируют белки, 4 кодируют рРНК и 45 кодируют тРНК

Описание оперона АТФ-синтазы в геноме P. furiosus штамм COM1

АТФ-синтаза – белок, состоящий из многих субъединиц, главная функция которого состоит в синтезе АТФ – молекул, аккумулирующих энергию. Субъединицы АТФ-синтазы P.furiosus закодированы на комплементарной цепи, их гены в совокупности с генами некоторых других белков формируют оперон АТФ-синтазы. Графическое представление участка генома с опероном, включая по одному гену, не входящему в оперон, с каждой стороны (участок от 1300000 до 1312000 нуклеотида) приведено на рис.2.

Рис.2. Окрестность оперона АТФ-синтетазы Pyrococcus furiosus COM1. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI

На рисунке 2 представлены сонаправленные гены, вероятно входящие в один оперон. Возможный оперон включает 18 белков из них 9 описаны как компоненты АТФ синтазы. Описание генов оперона – в таблице 1.

Таблица 1. Гены в опероне АТФ-синтетазы Pyrococcus furiosus COM1.

Номер гена	Координаты гена в геноме	Идентификатор гена	Продукты гена по данным NCBI	Перевод названия продукта
1	1 310 058..1 310 369	PFC_07320	V-type ATP synthase subunit H	Субъединица H АТФ-синтетазы типа V
2	1 308 065..1 310 056	PFC_07315	V-type ATP synthase subunit I	Субъединица I АТФ-синтетазы типа V
3	1 307 584..1 308 063	PFC_07310	V-type ATP synthase subunit K	Субъединица K АТФ-синтетазы типа V
4	1 306 953..1 307 549	PFC_07305	V-type ATP synthase subunit E	Субъединица E АТФ-синтетазы типа V
5	1 305 834..1 306 946	PFC_07300	V-type ATP synthase subunit C	Субъединица C АТФ-синтетазы типа V
6	1 305 526..1 305 837	PFC_07295	V-type ATP synthase subunit F	Субъединица F АТФ-синтетазы типа V
7	1 302 478..1 305 519	PFC_07290	V-type ATP synthase subunit A	Субъединица A АТФ-синтетазы типа V
8	1 301 084..1 302 478	PFC_07285	V-type ATP synthase subunit B	Субъединица B АТФ-синтетазы типа V
9	1 300 409..1 301 053	PFC_07280	V-type ATP synthase subunit D	Субъединица D АТФ-синтетазы типа V

Источники:
[1] Pyrococcus furiosus - Wikipedia, the free encyclopedia
[2] http://www.treehugger.com/clean-technology/scientists-creating-extremophile-super-bug-to-make-fuel.html
К началу страницы