Учебный сайт Дюгая Ильи
Работа в Blast
Поиск гомологов белка Superoxide Reductase
С помощью программы protein BLAST я провел поиск гомологичных последовательностей по базе UniProt/SwissProt. Все найденные последовательности приведены на рис.1. Рамкой выделена выбранная мною последовательность.
Рис. 1. Предположительно гомологичные последовательности, найденные программой BLAST.
Выходная таблица содержит следующие колонки:
- Description: название и краткое описание находки.
- Max score: наибольший вес выравнивания участка последовательности, в большинстве случаев равен Total score, но может и отличаться, если в последовательности находки найдено несколько участков совпадения с нашей последовательностью.
- Total score: общий вес выравнивания находки и исходной последовательности.
- Query cover: процент аминокислотных остатков исходной последовательности, покрытых последовательностью находки в выравнивании.
- E value: математическое ожидание находки с тем же и большим весом в банке случайных последовательностей; характеризует то, насколько случайно совпадение последовательности находки с исходной последовательностью, чем меньше E-value, тем ошибка менее вероятна.
- Ident: процент совпадающих аминокислот.
- Accession: идентификатор последовательности находки.
Параметры выбранного мною гомолога:
| Description | Max score | Total score | Query cover | E value | Ident | Accession |
| superoxide reductase [Ferroglobus placidus DSM 10642] >ref|WP_012966446.1| superoxide reductase [Ferroglobus placidus] >gb|ADC66107.1| Superoxide reductase [Ferroglobus placidus DSM 10642] | 166 | 166 | 95 | 8e-50 | 67 | YP_003436382.1 |
Выравнивания двух участков находки с исходной последовательнотью и некоторая дополнительная информация показана на рис. 2.
Рис. 2. Выравнивание найденной последовательности с исходной.
Карта локального сходства
Для построения карты локального сходства я отметил галочкой Align two or more sequences в интерфейсе запуска BLAST и ввел в поля последовательности исходного и найденного белка. Линия соединяет выравниваемые позиции. Карта представлена на рис.3.
Рис. 3. Карта локального сходства последовательностей белка Superoxide Reductase у Pyrococcus furiosus COM1 и Ferroglobus placidus DSM 10642.
Четко прослеживается гомология последовательностей. Присутствует одна делеция или инсерция в одной из последовательностей
Эукариотические гомологи
В выкладке BLAST 48 находок соответствуют белкам эукариот, однако лишь 4 из них имеют значение E-value меньше 0.001.
Множественное выравнивание
Для построения множественного выравнивания я выбрал первые 5 находок. Наглядное представление данного выравнивания показано на рис. 4 Проект данного выравнивания в формате .jar можно скачать здесь.
Рис. 4. Множественное выравнивание первых пяти гомологов.
Длина полученного выравнивания составляет 198 аминокислотных остатков. В данном выравнивании было найдено 20 консервативных позиций (что составляет 10,1% от длины выравнивания) и 32 функционально консервативные позиции (16,2% от длины выравнивания).
Дата последнего обновления: 23.02.2014Copyright © Дюгай Илья, 2013.