Учебный сайт Дюгая Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Ссылки

Об авторе

Описание области контакта c лигандом Fe (III) в структуре белка superoxide reductase (идентификатор PDB 1DO6)

В белке присутствует только два лиганда, оба - ионы Fe (III). На Рис.1 они изображены красными шариками. Предполагаемая функция: железо в степени окисления +3 может являться акцептором электронов в окислительно-восстановительных реакциях, котрые и осуществляет Superoxide Reductase.
Рис.1 Лиганды белка Superoxide Reductase.

Один имеет идентификатор А200, другой - В205. Рассмотрим первый. С помощью программы Launch RCSB - Ligand Explorer был получен файл со списком аминокислот, взаимодействующих с данным лигандом его (можно скачать по ССЫЛКЕ). Визуализируем связи иона с цепью A белка (рис.2) с помощью программы Jmol.
Рис.2 Область контакта белка и лиганда Fe(III)
Скрипт для получения рис. 2. можно скачать здесь