Учебный сайт Дюгая Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Ссылки

Об авторе

Поиск структурных гомологов белка superoxide reductase с помощью PDBeFold

Четвертое задание, в котором нужно было работать в программе Jmоl, заключалось в поиске полипептидных цепей, похожих на одну из цепей нашего белка, в моём случае - Кристаллическая структура супероксидной редуктазы в окисленном состоянии (по английски CRYSTAL STRUCTURE OF SUPEROXIDE REDUCTASE IN THE OXIDIZED STATE AT 2.0 ANGSTROM RESOLUTION), который имеет идентификатор 1DO6 в базе данных PDB. Белок находится в организме Pyrococcus furiosus. Для сравнения я выбрал цепь *A. Для поиска и сравнения полипептидных цепей используется сервис PDBeFold (http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/). Программа выдала 2254 похожих цепей, проверив при этом 97398 цепей. Случайным образом я выбрал 48-ю, она подходит под все параметры, описанные в задании (т.е %seq = 19 < 95; RMSD = 1.61; N_g = 6). Название белка - THE SOXYZ COMPLEX OF PARACOCCUS PANTOTROPHUS из организма Paracoccus denitrificans, идентификатор 2ОХ5, цепь *Е.
На рис.1 представлен участок совмещения цепей. Светлым показан белок 2ОХ5, а темным - 1DO6. Геометрическое ядро было выделено при помощи следующих команд:
select (239-255:A or 239-249:B) and (within(1.75, *A.CA)) and backbone and *B.CA
select (239-255:A or 239-249:B) and (within(1.75, *B.CA)) and backbone and *A.CA
Рис.1 Совмещение участков цепей белков.