Учебный сайт Дюгая Ильи
Выравнивания в Jalview
Выравние последовательностей - биоинформатический метод, основанный на сопоставлении биологических цепочек для выявления сходных участков. Сходные участки, чаще всего, указывают на гомологичность отдельных аминокислот, участков или последовательностей целиком.
Для выполнения пункта а первого задания была устновлена консервативность 70% и выше, раскраска по типу Clustalx. Были найдены 2 участка выравнивания, на которых высок процент консервативных и функционально консервативных аминокислот. Они показаны на рис. 1.
Выравнивание, с которым была проведена работа, можно скачать здесь.
Рис. 1. Общий вид проекта в Jalview, вертикальные блоки выравнивания показаны черной рамкой.
Для выполнения второго задания, в котором надо посчитать процент консервативных позиций был выран второй блок, показанный на рис. 1
справа. Всего в нём 23 колонки.
Абсолютно консервативная позиция - это такая колонка, в которой во всех выравниваниях стоит
одинаковая аминокислота. В этом блоке их 5, в процентном соотношении 21.75%.
Абсолютно функционально консервативная позиция - это такая колонка, в которой во всех выравниваниях
стоят аминокислоты одной и той же группы. Таких колонок 14, их доля в процентах - 60.87%.
Консервативная на 70% колонка - это такая колонка, в которой в 70% выравниваемых последовательностей
и более стоит одна и та же аминокислота. Таких колонок в блоке 18, что составляет 78.26% от всех колонок.
Функционально консервативных на 70% колонок в этом блоке 21, что составляет 91.30% от всех колонок
блока.
Для выполнения третьего задания также использовались блоки из пункта а первого задания.
Между этими двумя блоками находится 7 позиций, из которых 3 - это гэпы. Тогда процент гэпов в этой части выравнивания - 8.1%.
Пункт б первого задания заключался в поиске двух гомологичных на каком-либо участке
последовательностей, при отсутствии данных о гомологичности остальных последовательностей. Графические параметры остались как в
прежней работе. Требуемый фрагмент выравнивания показаны на рис. 2а.
Проект с выполнением данной работы в формате .jar можно скачать здесь.
Рис. 2. а) Две гомологичные на участке последовательности (слева). б) Выравнивание дополнительной последовательности с правым блоком из
пункта а задания 1 (справа).
Четвертое задание заключалось в выравнивании дополнительной последовательности (ее можно скачать здесь)
относительно одного из блоков из первого задания, пункта а. Фрагмент этого выравнивания показан на рис.2б. Проект с выравниванием
дополнительной последовательности можно найти здесь.
Пятое задание заключалось в получении косенсусной последовательности и постоения LOGO-изображения
одного из блоков. Последовательность была получена с помощью инструментов Jalview и скачать ее можно здесь.
Для построения LOGO использовались фрагменты последовательностей, соответствующие 2-му (правому) вертикальному блоку выравниваний.
И увидеть его можно на рис. 3.
Рис. 3. LOGO-изображение правого вертикального блока из пункта а первого задания.
В последнем задании предлагается посмотреть, как выглядит выравнивание заведомо негомологичных белков. Для этого были взяты несколько белковых последовательностей. Их аминокислотные последовательности "были выравнены" с помощью сервиса MUSCLE. Файл, который был получиен в итоге, можно скачать здесь. Это и есть тот файл, который был подан на вход редактору JalView. Как можно видеть на рис. 4, в обоих блоках довольно мало совпадающих аминокислот. По такому "выравниванию" можно заключить, что белки негомологичны.
Рис. 4. Два блока выравнивания заведомо негомологичных белков.
Последний проект этой работы c выравниванием заведомо негомологичных белков можно скачать здесь.
Дата последнего обновления: 23.02.2014Copyright © Дюгай Илья, 2013.