Учебный сайт Дюгая Ильи
Мотивы, Prosite
Поиск мотивов с помощью сервиса prosite выполнялся для множественного выравнивания aln1_1.fa из первого практикума по выравниваниям. Для этого я ввела в окно запроса fasta-файл из последовательностей данного выравнивания. Prosite нашёл мотив G_PROTEIN_RECEP_F1_1 (идентификатор PS00237). Выравнивание с выделенным мотивом показано на рис. 1.
Рис. 1. Множественное выравнивание с выделенным мотивом. Раскраска ClustalX, консервативность 70%.
Основываясь на выравнивании я составил сильный паттерн данного мотива: [VAS]-[SN]-[TGIVA]-[FWYLNM]-[NT]-[LSMI]-[VTMCALS]-[AGLF]-[IFL]-[SAT]-[LVIAF]-[ED]-R-[YFW]-[GYIWHFLN]-[AV]-[ITL]. Данный паттерн находит все исходные последовательности, и, если его ещё более ужесточить, то появятся последовательности из выравнивания, которые найденны не будут. Всего для этого паттерна найдено 33 последовательности в Swissprot и 549 - в Tremble
Далее я составила следующий слабый паттерн для данного мотива: [VAS]-[SN]-x(2)-[NT]-x(3)-[IFL]-[SAT]-x-[ED]-R-[YFW]-x-[AV]-[ITL]. По нему было найдено 112 последовательности в Swissprot и 2582 последовательности в Tremble. Видно, что количество найденных последовательностей увеличилось примерно в 4 раза по сравнению с сильным паттерном, что не так уж и много.
Проект в формате jar с выравниванием и фрагментом, по которому строился мотив можно скачать здесь.
Дата последнего обновления: 23.02.2014
Copyright © Дюгай Илья, 2013.