Учебный сайт Дюгая Ильи
Множественные выравнивания.Pfam.
Для построения множественного выравнивания я взял выборку белков из выдачи программы BLAST для моего белка Superoxide Reductase, используя поиск по базе RefSeq.
С помощью программы muscle я построил множественное выравнивание этих белков. Я использовал команду muscle -in seqdump.fasta -out muscle.fasta. Выравнивание в формате fasta можно скачать здесь. Наглядное представление данного выравнивания можно увидеть на рис. 1.
Рис. 1. Множественное выравнивание гомологов белка Superoxide Reductase Pyrococcus furiosus COM1, найденных в Refseq при помощи BLAST. Получено с помощью muscle. Раскраска ClustalX, консервативность 70%.
Следующим этапом было построение множественного выравнивания этих же последовательностей с помощью программы mafft на сервере kodomo. Я использовл команду mafft seqdump.fasta > mafft.fasta. Полученный fasta-файл можно скачать здесь. Наглядное представление данного выравнивания - на рис. 2.
Рис. 2. Множественное выравнивание гомологов белка Superoxide Reductase Pyrococcus furiosus COM1, найденных в Refseq при помощи BLAST. Получено с помощью mafft. Раскраска ClustalX, консервативность 70%.
Далее я сравнил два полученных выравнивания. Для этого я использовал программу muscle для построения выравнивания двух выравниваний. Команда такая: muscle -profile -in1 muscle.fasta -in2 mafft.fasta -out both.fasta. Полученный fasta-файл можно скачать здесь. Наглядное представление данного выравнивания - на рис. 3.
Рис. 3. Сравнение множественных выравниваний гомологов белка Superoxide Reductase Pyrococcus furiosus COM1.Раскраска ClustalX, консервативность 70%.
Pfam
Я нашел последовательность моего белка на сайте pfam, использовав идентификатор 1do6. По данным этого сайта, в последовательности моего белка 2 домена Desulfoferrodoxin pfam-семейства Desulfoferrodox (PF01880). Я сохранила seed-выравнивание этого семейства. Файл с выравниванием можно скачать здесь. Наглядное представление - на рис. 4.
Рис. 4. Seed-выравнивание pfam-семейства Desulfoferrodox (PF01880). Раскраска ClustalX, консервативность 70%
Скачать проект задания
Дата последнего обновления: 23.02.2014Copyright © Дюгай Илья, 2013.