Для работы я взял белок с идентификатором Q04719. Я провел несколько итераций Psi-Blast, данные по ним приведены в таблице 1. Взятый мной белок содержит домен ME53, содержащий цинк-связывающий участок.
Таблица 1. Итерации при работе с Psi-Blast.
Номер итерации |
Число находок выше порога (0,005) |
Идентификатор худшей находки выше порога |
E-value этой находки |
Идентификатор лучшей находки ниже порога |
E-value этой находки |
| 1 | 42 | NP_258295.1 | 6e-06 | YP_001257085.1 | 0,008 |
| 2 | 57 | NP_872573.1 | 7e-18 | WP_024160893.1 | 0,007 |
| 3 | 58 | YP_006908640.1 | 5e-50 | WP_009169989.1 | 0.48 |
1 итерация: я добавил 2 находки, также содержащие ME53 домен.
2 итерация: Сверх добавленного программой (15 находок) я ничего не добавил.
3 итерация: Программа добавила 1 находку.
4 итерация: Никаких изменений в списке "хороших" находок, конец итераций.
Так же для этих белков было построено выравнивание. Скачать последовательности для выравнивания можно здесь. Проект в формате jar можно скачать здесь.
Дата последнего обновления: 23.02.2014
Copyright © Дюгай Илья, 2013.