Uniprot - база данных аминокислотных последовательностей. Она состоит из сегмента SwissProt (проверенные последовательности, аннотированные экспертом) и TrEMBL (непроверенные последовательности, существование которых зачастую не подтверждено). В TrEMBL последовательностей в несколько раз больше, чем в SwissProt.
С помощью ID mapping был определён AC и ID моего белка при наличии идентификатор PDB (1DO6). ID белка - SOR_PYRFU, AC - P82385. Стоит отметить, что белок находится в сегменте SwissProt, то есть скорее всего его запись содержит больше достоверной информации.
Для поиска ортологов белка был использован Advanced search - один из инструментов Uniprot. Ортологи - это гены (и соответствующие им продукты), произошедшие от общего предшественника. Их ищут в близкородственных организмах. Чтобы найти ортологи моего белка, был произведён поиск по запросу:
name:"Superoxide reductase" AND taxonomy:Pyrococcus
Было найдено 7 ортологов (включая исходный белок). Интересно, что 4 из них находятся в SwissProt. Это говорит о том, что род Pyrococcus изучен достаточно хорошо (из-за того, что это модельный объект для всех термофильных архей). В дальнейшем работа будет вестись именно с аннотированными ортологами, потому что так интересней.
Итак, для составления таблицы взят исходный белок (ID SOR_PYRFU), его ортологи из Pyrococcus abyssi (ID SOR_PYRAB) и Pyrococcus horikoshii (ID SOR_PYRHO). Для каждого белка файл с полной информацией можно скачать по ссылкам:
Таблица 1.Сравнение ортологов.
| Метка поля | Содержание | |||
| Супероксидредуктаза из археи Pyrococcus furiosusstrain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 | Супероксидредуктаза из археи Pyrococcus abyssi | Супероксидредуктаза из археи Pyrococcus horikoshii | ||
| Идентификатор записи | ID | SOR_PYRFU | SOR_PYRAB | SOR_PYRHO |
| Код доступа первый ("Accession number") | AC | P82385 | Q9V098 | O58810 |
| Код(ы) доступа остальные | AC | - | G8ZI59 | - |
| Дата создания документа | DT | 03-OCT-2012 | 21-FEB-2001 | 15-DEC-1998 |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 14-MAY-2014 | 14-MAY-2014 | 14-MAY-2014 |
| Название (краткое описание) белка | DE | Superoxide reductase. По классификации ферментов EC - 1.15.1.2 | Superoxide reductase. По классификации ферментов EC - 1.15.1.2 | Superoxide reductase. По классификации ферментов EC - 1.15.1.2 |
| Название организма | OS | Pyrococcus furiosus COM1 | Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) | Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 /NBRC 100139 / OT-3) |
| Таксономия | OC | Archaea; Euryarchaeota; Thermococci; Thermococcales; Thermococcaceae; Pyrococcus | Archaea; Euryarchaeota; Thermococci; Thermococcales; Thermococcaceae; Pyrococcus | Archaea; Euryarchaeota; Thermococci; Thermococcales;Thermococcaceae; Pyrococcus |
| Название локуса гена | GN | Name=sorA; OrderedLocusNames=PF1281 | Name=sorA; OrderedLocusNames=PYRAB08930; ORFNames=PAB0599 | Name=sorA; OrderedLocusNames=PH1083; ORFNames=PHCM016 |
| Номер публикции | RX | PubMed=10704199; DOI=10.1021/bi992428k | PubMed=12622808; DOI=10.1046/j.1365-2958.2003.03381.x | PubMed=9679194; DOI=10.1093/dnares/5.2.55 |
| Автор(-ы) публикации | RA | Yeh A.P., Hu Y., Jenney F.E. Jr., Adams M.W.W., Rees D.C. | Cohen G.N., Barbe V., Flament D., Galperin M., Heilig R., Lecompte O., Poch O., Prieur D., Querellou J., Ripp R., Thierry J.-C., Van der Oost J., Weissenbach J., Zivanovic Y., Forterre P. | Kawarabayasi Y., Sawada M., Horikawa H., Haikawa Y., Hino Y., Yamamoto S., Sekine M., Baba S., Kosugi H., Hosoyama A., Nagai Y., Sakai M., Ogura K., Otsuka R., Nakazawa H., Takamiya M., Ohfuku Y., Funahashi T., Tanaka T., Kudoh Y., Yamazaki J., Kushida N., Oguchi A., Aoki K., Yoshizawa T., Nakamura Y., Robb F.T., Horikoshi K., Masuchi Y., Shizuya H., Kikuchi H. |
| Название публикации | RT | "Structures of the superoxide reductase from Pyrococcus furiosus in the oxidized and reduced states." | "An integrated analysis of the genome of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus abyssi." | "Complete sequence and gene organization of the genome of a hyper-thermophilic archaebacterium, Pyrococcus horikoshii OT3." |
| Журнал | RL | J. Bacteriol. 194:4097-4106(2012) | Mol. Microbiol. 47:1495-1512(2003) | DNA Res. 5:55-76(1998). |
| Чем обосновано существование белка | PE | Evidence at protein level | Inferred from homology | Evidence at protein level |
| Ссылка (-и) на базу 3D структур PDB | DR | 1DO6, 1DQI, 1DQK | - | 2HVB |
| Реакция, катализируемая ферментом | CC: CATALYTIC ACTIVITY | Reduced rubredoxin + superoxide + 2 H(+) = rubredoxin + H(2)O(2) | Reduced rubredoxin + superoxide + 2 H(+) = rubredoxin + H(2)O(2) | Reduced rubredoxin + superoxide + 2 H(+) = rubredoxin + H(2)O(2) |
| Кофактор | CC: COFACTOR | Железо | Железо | Железо |
Для ответа на вопросы я выбрал пункт c, g: я бы стал изменять аминокислотные остатки Glu 14, His 41, His 47, His 16, His 114, Cys 111 имненно эти остатки и отвечают за связывание лиганда Fe (III) е: с моим белком связываются ионы Fe(III)
Дата последнего обновления: 23.02.2014
Copyright © Дюгай Илья, 2013.