Учебный сайт Дюгая Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Ссылки

Об авторе

ORF Finder

Рис. 1.Открытые рамки считывания, найденные программой ORF Finder.

Таблица 1.Рамки считывания, прошедшие фильтрацию по длине и перекрыванию.

Ниже приведены выравнивания, на основании которых было сделано заключение о функциях предполагаемых белков:

Идентификатор	e-value	Организм	            	Длина белка	Длина выравнивания	Сходство
WP_009257956.1 	3e-140  Lachnospiraceae bacterium 	378	        382	                71%
Query  1    MPRKGENIYKRKDGRWEGRYIRDRV-NGKAKYGYVFAHSYKEVKIKLADAKARLASNTSA  59
            MPRKGENIYKRKDGRWEGRYI+ R   GKA YGYV+A +Y+EVK KL +  +  +++T+A
Sbjct  1    MPRKGENIYKRKDGRWEGRYIKSRTPAGKANYGYVYAKTYREVKSKLVNQISFASNSTTA  60

Query  60   EPVIASELLICSFSRASDEWIQANKSQWKESSTMKYINILNNHLLPEFGQKNITDIARTD  119
               + +   +C F   + EW Q    Q KESS+ KY N+LN+++LP FG K + DI    
Sbjct  61   NQKVPT---VC-FECIAMEWFQTIHPQIKESSSNKYWNLLNSYVLPAFGLKPLCDITHDF  116

Query  120  IQAYISKLLTSSGRNNAGLAPKTVNSIISVMKNIFEYAAETKQCQLISFKGLNVKQPQKQ  179
            I+   +  LT  G    GL+ KTV+ I+S+++NI ++AA+       + + + +K+   +
Sbjct  117  IEEQCNLFLTEGGLKGNGLSAKTVSDILSLIRNIMQFAAKKGNIISCNAQSIQIKRQIPE  176

Query  180  MRILSQAEQSLLTEYLLEESSNTGIGILLSLYTGLRVGEVCALKWEDISFRDRYIHVHKT  239
            MR+LS+AEQ  L +YL  +     IGIL+ L+TGLRVGE+CAL+WEDISF D  IHVH+T
Sbjct  177  MRVLSRAEQEKLCQYLYSDLDACNIGILVCLFTGLRVGEICALRWEDISFSDHTIHVHQT  236

Query  240  MQRIQVKGNSDHKSEIIISAPKSACSVRDVPVPDKLLLMLQERQKAPNTYFLTGKTALYV  299
            +QRIQ + NS  K++I+I+APKSACS+R +PVP+ L+++L   + +   Y LT      +
Sbjct  237  LQRIQNRANSKQKTKIVITAPKSACSIRTIPVPNDLIVILASYKTSSKGYILTNCEQTPL  296

Query  300  EPRTMQNRFKSTIKKAGIAPANFHALRHTFATRCIELGFDIKSLSEILGHASVNITLNRY  359
            EPRTMQN FK  ++K+GIAPAN+H+LRHTFATRCIELGFD+KSLSEILGHASVNIT+NRY
Sbjct  297  EPRTMQNHFKRALQKSGIAPANYHSLRHTFATRCIELGFDVKSLSEILGHASVNITMNRY  356

Query  360  VHPSMELKQKNMNMLYDLLAVK  381
            VHP+MELKQ+NM  L  LLAVK
Sbjct  357  VHPTMELKQENMQRLSALLAVK  378



Идентификатор	e-value	Организм	        Длина белка	Длина выравнивания	Сходство
WP_035776160.1	4e-20	Butyrivibrio sp.	90	        83	            	69%
Query  4   KSEIIEILRTELPVLRAKARISQEDIAEKIGISRQTYSSIETGKRTASWTTILALIAYFQ  63
           + ++I+IL  ELPVLRAK  +SQE++++ IG+SRQTYSSIET KR  +W T L+LI +F 
Sbjct  2   RDKLIDILSEELPVLRAKIGLSQEELSDIIGVSRQTYSSIETKKRRMTWGTFLSLILFFD  61

Query  64  NNEDTAQMIDEIPGLKKKLAMVL  86
           NNE T+ M+  I      L  +L
Sbjct  62  NNEKTSPMLQNIGAFPDSLKNLL  84





Идентификатор	e-value	Организм	Длина белка	Длина выравнивания	Сходство
WP_016221950.1	2e-14	Dorea sp.	157	        56	            	78%
Query  1   MQIMNKDDYKNVPISALEFSTRTFNALMRANIDTLYLLIEHSAALQDVSNLGTKSL  56
           M I N+++Y  +PISAL FSTRTFN L RANI TLYLLIE+   L+++ N+G+KS+
Sbjct  1   MYIKNREEYCKIPISALNFSTRTFNCLKRANISTLYLLIENIENLEEIRNMGSKSI  56