Учебный сайт Дюгая Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвёртый семестр

Ссылки

Об авторе

Что такое филогенетическое дерево

В рамках данного практикума я построил филогенетическое дерево 7-ми выбранных мной видов бактерий на основе общего филогенетического дерева нескольких видов бактерий отдела Firmicutes. Выбранные мной бактерии можно увидеть в таблице 1.

Таблица 1. Виды бактерий отдела Firmicutes, выбранные для построения дерева.

Название	Мнемоника
Bacillus subtilis	BACSU
Enterococcus faecalis	ENTFA
Lactobacillus acidophilus	LACAC
Listeria monocytogenes	LISMO
Staphylococcus epidermidis	STAES
Streptococcus pyogenes	STRP1
Streptococcus pneumoniae	STRPN

Я составил скобочную формулу дерева выбранных бактерий:
((LACAC,(ENTFA,(STRP1,STRPN))),((BACSU,LISMO),STAES)).

С помощью программы MEGA получил изображение этого дерева (приведено на рис. 1).

Рис. 1. Изображение филогенетического дерева выбранных видов бактерий отдела Firmicutes.

Полученное дерево содержит следующие нетривиальные ветви:
{STRP1,STRPN} vs {LACAC,ENTFA,BACSU,LISMO,STAES}
{ENTFA,STRP1,STRPN} vs {LACAC,BACSU,LISMO,STAES}
{LACAC,ENTFA,STRP1,STRPN} vs {BACSU,LISMO,STAES}
{LACAC,ENTFA,STRP1,STRPN,STAES} vs {BACSU,LISMO}

Получил таксономию выбранных бактерий с помощью NCBI. Все они относятся cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli. Различия в таксономии приведены в таблице 2.

Таблица 1. Виды бактерий отдела Firmicutes, выбранные для построения дерева. Таксономия.

Название	Мнемоника	Таксономия
Bacillus subtilis	BACSU	Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
Enterococcus faecalis	ENTFA	Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus
Lactobacillus acidophilus	LACAC	Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Listeria monocytogenes	LISMO	Bacillales; Listeriaceae; Listeria
Staphylococcus epidermidis	STAES	Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Streptococcus pyogenes	STRP1	Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus
Streptococcus pneumoniae	STRPN	Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus

Сопоставив таксономию с построенных деревом можно сказать, что нетривиальная ветвь {STRP1,STRPN} vs {LACAC,ENTFA,BACSU,LISMO,STAES} - отделяет семейство Streptococcaceae (к нему относятся STRP1 и STRPN) от остального дерева, ветвь {LACAC,ENTFA,STRP1,STRPN} vs {BACSU,LISMO,STAES} - выделяет порядок Lactobacillales (LACAC,ENTFA,STRP1,STRPN) и порядок Bacillales (BACSU,LISMO,STAES).