Учебный сайт Дюгая Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвёртый семестр

Ссылки

Об авторе

Работа с KEGG ORTHOLOGY

В рамках данного правтикума я рассматривал реакцию 2.7.1.147 гликолиза/глюконеогенеза (Glycolysis / Gluconeogenesis). Графическое изображение данного метаболического пути можно увидеть на рис. 1.

Рис. 1. Изображение пути гликолиза/глюконеогенеза. Красным выделена реакция 2.7.1.147. Изображение получено с помощью базы данных KEGG.

Реакцию 2.7.1.147 катализируют два ортологических ряда белков: K08074 (48 белков) и K00918 (77 белков).

Я скачал последовательности этих белков из Uniprot, переименовал их и построил множественное выравнивание с помощью Muscle. Проект выравнивания можно скачать здесь.

Затем я проанализировал это выравнивание в программе MEGA методом Neighbor-Joining с 100 бутстреп-репликами. Получилось дерево, которое можно увидеть на рис. 2.

Рис. 2. Филогенетическое дерево белков, катализирующих реакцию 2.7.1.147. Получено с помощью программы MEGA (метод Neighbor-Joining с 100 бутстреп-репликами) на основе Muscle-выравнивания.

Видно раннее разделение дерева на две ветви, сообветствующие двум ортологическим рядам белков. Тривиальная ветвь B7QHX0_IXOSC длиннее других, что коррелирует с тем, что данная последовательность не слишком хорошо выравнилась с остальными. Т. к. больше выделяющихся ветвей нет, эти белки можно считать гомологами.