C помощью МЕМЕ я искал регуляторные мотивы в промоторных последовательностях E. coli (MEME06.txt). Для поиска использовались эксперементально установленные сайты посадки PurR.
В файле results.doc синим я отметил сайты, подтверждённые экспериментально, курсивом - предсказанные с помощью МЕМЕ и опции One occurence per sequence, ширным шрифтом - опции Zero or one occurence per sequence.
Последовательности имеют длину 100 нуктеотидов, во всех десяти последовательностях с экспериментально доказанными сайтами предсказания этих сайтов совпали с экспериментальными данными.Для последовательности folD сайт был предсказан с помощью одной из двух опций, для rpiA - два предсказания не воспали. В оставшихся трёх последовательностях сайтов связывания нет.
Дата последнего обновления: 28.05.2014
Copyright © Дюгай Илья, 2013.