Учебный сайт Дюгая Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвёртый семестр

Ссылки

Об авторе

Поиск последовательностей Шайна-Дальгарно

Я производил поиск повледовательностей Шайна-Дальгарно в геноме бактерии Bacillus_subtilis_168. Для этого я с помощью хромосомной таблицы определил координаты участков, где эта последовательность может находиться ([-25:0] от начала гена) и использовал их для получения последовательностей этих участков с помощью seqret (seqret @my_coords.txt my_seqs.fasta). Полученный файл - my_seqs_all.fasta. Двадцать первых последовательностей (из 4421) использовались для поиска мотива с помощью программы MEME. Выходной html-файл MEME - MEME.html. Лого найденного мотива можно найти на рис. 1. Затем был произведён поиск данного мотива во всех последовательностях с помощью программы MAST, найдено 443 достоверные последовательности содержащие этот мотив. Выходной html-файл MAST - MAST.html.

Рис. 1. Лого мотива, найденного MEME.