Учебный сайт Дюгая Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвёртый семестр

Ссылки

Об авторе

База данных STRING

Я определял белки, взаимодействующие с супероксид редуктазой археи Pyrococcus furiosus COM1 с помощью базы данных STRING. Мой белок есть в этой базе данных (ген sorA). На рис. 1 можно видеть граф взаимодействий этого белка на первом уровне близости.

Рис. 1. Изображение "графа взаимодействий" белка superoxide reductase археи Pyrococcus furiosus COM1 и связанных с ним белков. Цвета рёбер означают способ, которым установили факт взаимодействия двух белков: соседство - зеленый, "сшивка" генов - красный, коэкспрессия - черный, экспериментальные данные - сиреневый, анализ текста - желтый.

Информацию об этих пяти белках и моём белке можно найти на таблице 1.

Таблица 1. Информация о белках, связанных с superoxide reductase археи Pyrococcus furiosus COM1

Ген	Белок	Реакция/схема реакции
sorA	супероксид редуктаза	Reduced rubredoxin + superoxide + 2 H(+) <=> oxidized rubredoxin + H(2)O(2)
rub	рубредоксин	Reduced ferredoxin + NAD(+) <=> oxidized ferredoxin + NADH
PF1283	рубреритрин	H(2)O(2) <=> 2H(2)O
PF1197	NADH оксидаза/нитрит редуктаза	NADH <=> NAD(+); NH(3) + 2 H(2)O + 6 ferricytochrome c <=> nitrite + 6 ferrocytochrome c + 7 H(+)
PF0715	NAD(P)H оксидаза	NAD(P)H <=> NAD(P)(+)
PF2006	NADH оксидаза	NADH <=> NAD(+)

Из таблицы 1 видно, что rub является субстратом sorA и вероятно, что sorA и PF1283 катализируют последовательные реакции. Ферменты PF1197, PF0715 и PF2006 имеют сходные функции и могут поставлять NAD(+) для реакции фермента rub.

На рис. 2 можно увидеть геномное окружение sorA. Полное дерево можно посмотреть тут.

Рис. 2. Геномное окружение для белка superoxide reductase археи Pyrococcus furiosus COM1 с точностью до филума. Цветами отмечены гены: sorA (красный), rub (желтый), PF1283 (зеленый).

У некоторых архей и бактерий вместе встречаются гены sorA, rub и PF1283, что согласуется с информацией о том, что их функции связаны.

На рис. 3 представлен график совместной встречаемости наших белков. Чем темнее квадратик тем гомологичнее белок таксона белку, указанному выше. Относительно достоверную совместную встречаемость можно наблюдать для таксонов Proteobacteria, Firmicutes, Thermotogaceae, Euryarchaeota (моя архея из этого таксона), Thermoprotei.

Можно отметить, что в таксонах, где есть гомолог sorA, там есть и гомологи остальных белков (для rub и PF1283 они к тому же довольно близкие), из чего можно заключить, что sorA, rub и PF1283 вовлечены в один процесс.

Рис. 3. График совместной встречаемости для белка superoxide reductase археи Pyrococcus furiosus COM1 с точностью до филума.