Учебный сайт Дюгай Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвертый семестр

Седьмой семестр

Ссылки

Об авторе

Восстановление кристалла из PDB файла

Для анализа был выбран белок 1DO6, с которым я работал во втором семестре. В файле для моего белка есть поле CRYST1 с информацией о кристаллографической структуре,оно выглядит так:

CRYST1 50.310 94.020 52.900 90.00 90.00 90.00 P 21 21 2 8

Три первых численных значения отвечают длинам векторов a, b, c, задающих кристаллографическую ячейку.Числа с четвертого по шестое задают углы между этими векторами α, β, γ.

Следующие 4 символа P 21 21 2 описывают группу симметрии, последнее число — число молекул в элементарной ячейке.

Содержимое кристаллической ячейки изображено на рис. 1.

Рис. 1. Изображение кристаллической ячейки

Для восстановления содержимого соседних ячеек (рис. 2) использовал команду:

symexp sym, 1s4i, all, 3

Рис. 2. Фрагмент кристалла

В кристалле белок образует не образует различных полярных связей с окружающими его идентичными белками. На рисунке 3 показан контакт двух белков в виде поверхности.

Рис. 3. Поверхность контакта димера белков с ДНК

Странное расположение белковой цепи в структуре ДНК-белкового комплекса 3hdd

Для работы была выбрана структура 3hdd, содержащая комплекс гомеодомена D. melanogaster с ДНК. В этой структуре одна из молекул белка находится на краю молекулы ДНК

Рис. 4. Визуализация 3HDD

Если восстановить содержимое соседней ячейки, то видно, что концевые нуклеотиды соседних цепей ДНК образуют пару (рис. 5). Из этого следует, что молекула белка расположена не на краю цепи ДНК, а в середине. При этом взаимодействия ничем не отличаются от взаимодействий белка, расположенного посредине ДНК.

Рис. 5. Визуализация 3HDD с восстановленной соседней ячейкой

PDB файлы, асимметрические единицы которых не совпадает с биологической единицей

Для выполнения этого задания был использован Advanced search PDB для поиска структур у которых ассиметрические единицы не совпадают с биологическими. Было найдено два примера:

1. Heat shock factor 1-DBD (5HDG). У этого белка асимметрическую единицу составляет одна цепь, а биологическую единицу 2 цепи (рис. 6,7).

Рис. 6. Асимметрическая ячейка 5HDG

Рис. 7. Биологическая ячейка 5HDG
2. ZmpB metallopeptidase from Clostridium perfringens (5KDG). У этого белка асимметрическую единицу составляют две цепь, а биологическую единицу одна цепь (рис. 8,9).

Рис. 8. Асимметрическая ячейка 5KDG

Рис. 9. Биологическая ячейка 5KDG

Copyright © Дюгай Илья, 2013.