Учебный сайт Дюгай Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвертый семестр

Седьмой семестр

Ссылки

Об авторе

Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam

Для выполнения данного задания мною был выбран белок, изучаемый мной на первом курсе - супероксидредуктаза (PDB ID - 1DO6). На рисунке 1 представлена структура 1DO6.

Рис. 1. Структура белка 1DO6.

1.CATH

Вся структура выбранного белка классифицируется как единый домен 1do6A00, сам белок относится к суперсемейству 2.60.40.730 .

2.SCOPe

Здесь были найдены два домена, представляющие соответственно цепи А и В в белке, а также были найдены 6 доменов из бактерий того же рода, автоматически относимых к цепи А белка супероксидредуктазы.

3.ECOD

Структура представлена двумя доменами, соответствующими цепям А и В супероксидредуктазы.

4.Pfam

Обнаружил 8 доменов
M1E481_9FIRM 42-129
R5BKW9_9FIRM 16-131
R6ZAH4_9ACTN 113-193
K2BXA5_9BACT 80-168
R6R4J9_9FIRM 209-359
Q12XN7_METBU 38-135
B1C894_9FIRM 444-529
E7MM47_9FIRM 136-220

Видно, что в основном структура подразделяется на 2 домена, соответствующих двум цепям белкам, исключения - Pfam, возможно, это связано, что он видит внутри этих доменов еще некие "поддомены"; и CATH - он, возможно, считает две цепи, входящие в состав белка одинаковыми.

Copyright © Дюгай Илья, 2013.