Учебный сайт Дюгай Ильи
Главная
Первый семестр
Второй семестр
Третий семестр
Четвертый семестр
Седьмой семестр
Ссылки
Об авторе
Совмещение структур
Для цепи I из структуры 5HGI был проведен поиск структурных гомологов с помощью сервиса PDBeFold. Поиск проводился с параметрами по умолчанию.
Из списка находок были отобраны 5 гомологов, которые были совмещены (Рис. 1).
Рис. 1. Совмещение структуры 5HGI с ближайшими гомологами. а. Совмещение полных структур; б. Совмещение выровненных участков
Для пространственного совмещения было получено соответствующее ему множественное выравнивание последовательностей (Рис. 2). Отдельно были получены последовательности, соответствующие совмещенным участкам, которые затем были выровнены в программе JalVeiw сервисом Muscle (параметры по умолчанию) (Рис. 3)
Рис. 3. Множественное выравнивание, полученное совмещением пространственных структур.
Рис. 4. Множественное выравнивание, полученное с помощью программы Muscle.
На рисунке 5 показано равнение множественных выравниваний, полученных из пространственного совмещения структур и программой Muscle
Рис. 5. Сравнение множественных выравниваний, полученных из пространственного совмещения структур и программой Muscle.Черной рамкой выделена консервативная колонка
В целом, можно заметить, что выравнивания похожи. В выравнивании построенном с помощью совмещения пространственых структур начиная в 45 позиции стоит гэп, который сдвигает выравнивание относительно выравнивания, полученного программой Muscle.
Copyright © Дюгай Илья, 2013.