Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвертый семестр

Седьмой семестр

Ссылки

Об авторе

Нахождение гидрофобных кластеров

Для работы выбрана структура 5HGI.Гидрофобные участки определялись при попмощи сервера Clud с изменением параметров Distance threshold и Cluster size threshold.

Гидрофобные кластеры в 5HGI

Рис. 1. Гидрофобные кластеры в белке 5HGI при Distance threshold - 5.4. А clusters not smaller 5. Б clusters not smaller 10.

Рис. 1. Гидрофобные кластеры в белке 5HGI при Distance threshold - 4.5. А clusters not smaller 5. Б clusters not smaller 10.

Заметно, что при ужесточении параметров на поиск кластеров, гидрофобная область молекулы становится более узкой, то есть больше сконцентрирована в центре, что логично, потому что белок находится в растворе.

Затем был проанализирован контакт цепей в структуре супероксидредуктазы 1DO6 при помощи этой же программы, был найден гидрофобный кластер размером в 158 атомов между цепями A и B (Рис.3).

Рис. 1. Гидрофобные кластеры на стыке двух цепей белка 1DO6.

Copyright © Дюгай Илья, 2013.