Учебный сайт Дюгай Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвертый семестр

Седьмой семестр

Ссылки

Об авторе

Интерпретация ЯМР структуры

Для выполнения этого задания был выбран белок северин. данные по структурам представлены в Таблице 1.

Таблица 1. Сравнение структур ЯМР и РСА

ЯМР			РСА
PDB ID	Цепь	Количество моделей	PDB ID	Цепь	Разрешение
1SVQ	A	20	1SVY	A	1,75

На Рис.1 показано наложение всех двадцати структур, полученных методом ЯМР. Из рисунка видно, что все альфа-спирали и бета-листы почти совпадают, а петли и концы укладываются немного по-разному.

Рис. 1. Наложение структур северина, полученных методом ЯМР

На Рис.2 изображена структура данного белка, полученная методом РСА.

Рис. 2. Структура северина, полученная методом РСА.

Интерпретация ЯМР структуры

В качестве остовной водородной связи была выбрана связь между аланином 215(N) и лизином 211(O) в альфа-спирали. На рисунке 3 представлены структуры, полученные методом РСА и ЯМР и указанная водородная связь.

Рис. 3. Структура северина, полученная методом РСА. Водородные связи между аланином 215 и лизином 211.

Для анализа водородной связи боковых цепей в ядре белка была выбрана пара остатков: аргинин 225 и аспартат 193.

Рис. 4. Структура северина, полученная методом РСА. Водородная связь между аргинином 225 и аспартатом 193.

Далее в качестве водородной связи в петле на поверхности глобулы была выбрана связь между аспартатом 188 (OD2) и аспарагином 185(ND2).

Рис. 5. Структура северина, полученная методом РСА. Водородная связь между аспартатом 188 и аспарагином 185.

Результаты по всем трем изученным водородным связям представлены в Таблице 2.

Таблица 2.. Данные по водородным связям.

Где расположена водородная связь	Донор и акцептор электронов	Расстояние в РСА (Å)	Число моделей ЯМР, в которых есть связь	Расстояние в ЯМР (Å)
				Минимальное	Максимальное	Медианное
Остовная водородная связь в альфа-спирали	Ala 215(N) и Lys 211(O)	2.92	4/20	2.12	3.13	3.055
Между боковыми группами в ядре белка	Arg 225(NH2) и Asp 193(OD2)	2.63	0/20	-	-	-
Между петлями на поверхности белка	Asp 188(OD2) и Asn 185 (ND2)	2.64	9/20	2.44	3.25	2.80

Исходя из полученных данных, можно сказать, что достаточно необычно увидеть такие результаты, так как водородные связи в таком стабильном элементе, как альфа-спираль, должны присутствовать почти во всех структурах, полученных ЯМР, однако, как можно увидеть они есть только в 4 из 20 структурах. Также достаточно странно, что аж в 9 из 20 структурах есть водородные связи между указанными остатками в гибкой петле.

Copyright © Дюгай Илья, 2013.