Поиск белковых структур с расширенными параметрами производится с помощью Advanced search PDB. Для демонстрации его работы были выбраны параметры: Experimental methods->Electron Microscopy и Enzyme Classification Search -> 1 (оксидоредуктазы). По такому запросу было получено 39 записей PDB (структур) и 124 отдельных цепей. После того как был поставлен порог сходства не более 50%,количество структур не изменилось. После этого был введен критерий на организм так, чтобы были представлены только белки вида Homo sapiens. Таких нашлось 3 структуры и 3 индивидуальных цепи.
Итоговая строка поиска: Experimental Method is ELECTRON MICROSCOPY and Enzyme Classification Search : EC=1 and Taxonomy is just Homo sapiens (human)
Для полученных после составления запроса структур можно получить таблицу с информацией о них, причем столбцы с необходимой информацией можно выбрать самим с помощью Custom Report. Также можно скачать единый fasta-файл сразу со всеми последовательностями и их структуры в формате pdb.
Copyright © Дюгай Илья, 2013.