Учебный сайт Дюгай Ильи
Главная
Первый семестр
Второй семестр
Третий семестр
Четвертый семестр
Седьмой семестр
Ссылки
Об авторе
Расчет вторичной структуры
Для расчета вторичных структур в белке 5HGI была запущена программа Stride. Результаты программы можно получить как в виде текстового файла, так и в виде интерактивной картинки (ее скриншот на рисунке 1).
Рис. 1. Вторичные структуры в белке 5HGI, рассчитанные программой Stride. Сравнение границ для двух альфа-спиралей и двух бета-листов представлено в таблице 1.
Таблица 1. Сравнение результатов Stride и данных PDB-файла.
| Тип вторичной структуры | Границы в PDB | Границы в Stride |
|---|---|---|
| Спираль | 649-655 | 649-655 |
| Спираль | 602-620 | 603-620 |
| Лист | 569-578 | 569-578 |
| Лист | 585-591 | 585-591 |
Как видно из таблицы, для данных элементов вторичной структуры границы практически совпадают.
Copyright © Дюгай Илья, 2013.