Учебный сайт Дюгай Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвертый семестр

Седьмой семестр

Ссылки

Об авторе

Построение поверхностей

Для анализа был выбран белок взят комплекс пуринового репрессора 1QQB с ДНК (рис.1).

Рис. 1. Комплекс пуринового репрессора 1QQB (димер) с ДНК

Для визуализации поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером (рис.2) были использованы команды:

select aa1, 1qqb and chain A
select aa2, sym02000000 and chain A
create A1, 1qqb and chain A
create A2, sym02000000 and chain A
select mm1, 1qqb and chain M
select mm2, sym02000000 and chain M
create M, mm1 or mm2
create A, aa1 or aa2
select surf, A1 w. 5 of A2
select surf1, A w. 5 of M
create s, surf
create s1, surf1

Рис. 2. Поверхность контакта двух мономеров

Построение поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт (рис. 3).

Рис. 3. Поверхность контакта димера белков с ДНК

Поверхность контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной модели двойной спирали (Рис. 4).

Рис. 4. Поверхность контакта ДНК с димером

Copyright © Дюгай Илья, 2013.