Визуализация молекулы белка рестриктазы в J(S)mol.

Перед Вами продемонстрирована при помощи J(S)mol структура белка c PDB ID 4FOP.

Был создан скрипт J(S)mol [текст скрипта], согласно которому в апплете последовательно выводятся изображения:

• Изображения в виде картонок(cartoons) c раскраской по цепочкам.
• Изображение в виде картонок (cartoons) с раскраской по вторичной структуре.
• То же самое + изображение шаро-стержневой модели лиганда с раскраской по химическим элементам. Если лиганд состоит из одного атома, то его шаро-стержневая модель – просто один шарик.
• Изображение белка в виде ван-дер-ваальсовых радиусов (spacefill) с раскраской по химическим элементам.
• Изображение остова одной альфа-спирали с обозначением водородных связей. Не забудьте отцентровать изображение. Изображение двух бета-тяжей с обозначением водородных связей между ними.

При загрузке апплета скрипт запускается автоматически; для продолжения выполнения скрипта необходимо нажать на кнопку "Resume".

Параметры водородных связей во вторичных структурах.

Были измерены длины и углы для водородных связей во вторичных структурах белка(см. Таблицу 1).

Согласно полученным данным, значение длин водородных связей не превышает 3 Å, а величина угла N-O-C не превышает 180° и в среднем равна 170°. Также следует отметить, что параметры водородных связей не зависят от типа вторичной структуры белка.

Как известно, силы электростатического взаимодействия, которыми в основном обусловлено наличие водородной связи, довольно слабы и действуют лишь на малых расстояниях. Водородные связи стабилизируют конформации макромолекул, и можно предположить, что именно такие значения параметров водородных связей обеспечивают наибольшую устойчивость. Также энергия связи достигает максимума при величине угла равной 180°, но данное значение не достигается в силу особенностей конформации вторичных структур.

Таблица 1.Параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода.

#	Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1	N(158GLN)- O(154PRO)	2.91	164.4
2	N(159SER)- O(155SER)	2.92	161.8
3	N(160LEU)- O(156ASN)	3.33	145.6
4	N(161MET)- O(157GLU)	3.01	157.6
Бета-тяжи
1	N(49ILE)- O(64LEU)	2.79	161.5
2	N(51GLY)- O(62LEU)	2.88	149.0
3	N(53GLY)- O(60VAL)	2.89	163.7
4	N(55ILE)- O(58HIS)	2.73	160.7