Были даны идентификаторы UniProt шести белков. Из них гомологичны только пять, чтобы определить негомологичный остальным белок нужно построить множественнное выравнивание и посмотреть, какая последовательность отличается от остальных.
Для этого я скачала последовательности белков единым FASTA-файлом и с помощью редактора jalview и программы Muscle получила выравнивание. Далее я раскрасила получившееся выравнивание по схеме BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%, и стало ясно, что белок с идентификатором E1ZTP8_CHLVA явно не гомологичен остальным: в нем наибольшее количество гэпов. Отличающаяся последовательность была удалена, и, как ожидалось, остальные последовательности выровнялись, число консервативных колонок возросло. Пустые колонки и негомологичные N- и C- концевые участки последовательностей были удалены; ниже представлено получившееся выравнивание.
Нажмите на картинку, чтобы открыть ее в полном размере.
Ссылки: